C'est vers 1783-1787 que le fondateur de la Tidjania, Sid-Ahmed El Tidjani, a dû faire face à un premier mouvement de dissidence. Le «Haut conseil de la Tariqa», né d'un mouvement de dissidence de la zaouïa Tidjania de Aïn Madhi, initié par des membres de la confrérie se réclamant du cheikh fondateur, a été mis sous l'éteignoir après que le Khalifa général El Hadj M'hamed Ben Sidi Mohamed Ettidjani, autorité suprême de l'ordre religieux fut sorti de son mutisme, à l'occasion d'un meeting qu'il a présidé et auquel ont été conviées certaines personnalités du monde politique. En qualifiant ce haut conseil de dérive, remettant en cause, et portant une atteinte grave aux structures constitutives de la confrérie, il a quelque peu mis en sourdine les tensions qui ont secoué la Zaouïa et qui ont grandement contribué à toutes formes de spéculations concernant le mode de désignation du Khalifa et des prérogatives qui lui sont conférées. A l'origine, le cheikh était l'héritier ou le fondateur de l'enseignement particulier à la Tariqa. C'était l'authentique continuateur de la tradition que tant d'autres hommes vénérés par l'acquisition du savoir et de la pratique d'une piété irréprochable ont propagée. La seule puissance au-dessus de la sienne que le cheikh reconnaissait est celle de Dieu Tout-Puissant et de son envoyé. Il ne s'imprègne que de ce que lui inspire le Dieu unique. Tel est, au sens mystique du mot, le cheikh, et c'est ainsi que doivent en concevoir sa conception, les croyants adeptes de la confrérie qui est placée sous son autorité spirituelle et suprême. C'est dans la même optique mystique qu'est perçu le Khalifa, mais c'est par délégation qu'il exerce les pouvoirs divins révélés au cheikh. Le rang de Khalifa ainsi que les prérogatives qui lui sont rattachées n'existent que dans l'ordre de la confrérie de la Tidjania Héritier de la «baraka», ce titre lui est exclusivement réservé pour le distinguer du fondateur de l'ordre qui est l'unique à se prévaloir de celui de cheikh. Le cheikh, au sommet de la hiérarchie, guide spirituel et temporel investi des bienfaits de la Toute-Puissance de Dieu (baraka) est un intermédiaire incontesté auprès des êtres humains. Possédant une connaissance parfaite de la loi divine et ayant atteint la perfection dans l'art de la connaissance des maux dont les âmes sont affligées, il sera apte à même de les guider dans la voie du Tout-Puissant. Le khalifa placé au second rang, investi d'une partie des pouvoirs du cheikh, sera son délégué auprès des fidèles et sera désigné par lui. C'est vers 1783-1787 que le fondateur de la Tidjania, Sid-Ahmed El Tidjani, qui était inondé de louanges de la part de ses adeptes, a dû faire face à un premier mouvement de dissidence, qui se distinguait de ses disciples, Tidjadjna. Sa zaouïa qui rayonnait à travers toute l'Afrique septentrionale était devenue une puissance qui importunait le gouvernement turc de l'époque, qui lui imposa une redevance annuelle exorbitante (1783-1787) et fit assiéger la petite ville d'Aïn Madhi. Sous les pressions des uns et des autres, il se réfugia à Fès, au Maroc où il put donner un nouvelle impulsion à sa doctrine. Et c'est probablement à cette époque que cette forme de «vacance de pouvoir» provoquée par l'exil du guide spirituel de la Tidjania, a fini par exacerber certaines convoitises pour avoir la mainmise sur la confrérie, qui, bien que prêchant dans sa doctrine l'abstention des affaires politiques, recommandait aussi l'obéissance aux gouvernements légitimes. Avant de mourir, cheikh El Tidjani a confié les intérêts de sa confrérie, et en laissa la direction à son moqaddem, Sid El Hadj Ali, déjà grand maître de la zaouïa (Touggourt). Dans son testament, il était spécifié qu'après la mort de son successeur, les chefs suprêmes de la confrérie seraient choisis parmi les membres de sa famille, composée de ses deux fils en bas âge et de ceux de la descendance de son khalifa, El Hadj Ali. A partir de là, sont nées deux branches mères principales: (Laghouat) Aïn Madhi représentée par les héritiers directs du fondateur de la Tidjania et Temacin (Touggourt) dirigée par les descendants de son successeur spirituel. Aujourd'hui, la Tidjania, qui compte plusieurs millions d'adeptes à travers le monde, possède des ramifications influentes au sein des rouages de tous les Etats et son influence est surtout manifeste en Afrique. Notamment, au Sénégal où son appui est très recherché ; le rôle politique qui lui incombe pour porter les homme au sommet de l'Etat est attesté.
