بنفس عدد المنتخبات التي شاركت في دورة السودان، أقيمت الطبعة الثانية من كأس الأمم الإفريقية والتي انطلقت يوم ال22 من شهر ماي من عام 1959 على أراضي الجمهورية العربية المتحدة، وهو الاسم القديم لدولة مصر العربية التي كانت متحدة مع دولة سوريا، أين كانت بداية لتوحيد الدول العربية، بعد أن نجح المنظمون في نقل المحفل القاري إلى بلد «الفراعنة»، حيث كان الاتفاق من قبل أن يتناوب على تنظيم الدورات المقبلة بين الدول الثلاث التي شاركت في دورة السودان. مصر تشارك تحت اسم اتحاد دولتين عربيتين الجمهورية العربية المتحدة هو الاسم الرسمي للوحدة بين مصر وسوريا والتي كانت بداية لتوحيد الدول العربية التي كانت إحدى أحلام الرئيس جمال عبد الناصر، أعلنت الوحدة في ال22 فيفري 1958 بتوقيع ميثاق الجمهورية المتحدة من قبل الرئيسين السوري شكري القوتلي والمصري جمال عبد الناصر، اختير عبد الناصر رئيسا والقاهرة عاصمة للجمهورية الجديدة، وفي عام 1960 تم توحيد برلماني البلدين في مجلس الأمة بالقاهرة وألغيت الوزارات الإقليمية لصالح وزارة موحدة في القاهرة أيضا، أنهيت الوحدة بانقلاب عسكري في دمشق يوم 28 سبتمبر 1961، وأعلنت سوريا عن قيام الجمهورية العربية السورية، بينما احتفظت مصر باسم الجمهورية العربية المتحدة حتى عام 1971 عندما سميت باسمها الحالي جمهورية مصر العربية. الدورة أقيمت بنظام المجموعة الواحدة مشاركة ثلاثة منتخبات فقط في الدورة المفتوحة الثانية لكأس إفريقيا، حتم على المنظمين لهذا المحفل اتباع طريقة أخرى في المسابقة بين المنتخبات المتنافسة، الأمر الذي تم من خلاله تعديل نظام الدورة، حيث تقرر أن تلعب على أساس بطولة من دور واحد تتلاقى فيها المنتخبات الثلاثة مع بعضها البعض، حيث يلعب كل منتخب مباراتين. البلد المستضيف واجه إثيوبيا في المباراة الافتتاحية شهدت المباراة الافتتاحية لهذه الدورة التي كان ملعب «القاهرة الدولي» مسرحا لها بين منتخبي مصر وإثيوبيا، والتي كانت إعادة لنهائي النسخة الأولى من كأس أمم إفريقيا، وكانت المفارقة العجيبة أن المباراة انتهت بنفس نتيجة المواجهة الأولى التي جمعتهما في النسخة الأولى لهذه البطولة بالسودان( 4- 0)، حيث أظهر الفراعنة عزيمة قوية في الفوز وأنهوا أطوار المقابلة التي كان بطلها المهاجم محمود الجوهري بتوقيعه «هاتريك». «صقور الجديان» تقضي على آمال إثيوبيا في المباراة الثانية بعد أن رهن المنتخب الإثيوبي حظوظه بخسارته المذلة أمام المنتخب المصري في المباراة الأولى، لعب الإثيوبيون مباراتهم الثانية أمام منتخب السودان في مواجهة الفرصة الأخيرة في ال25 من شهر ماي بملعب «القاهرة الدولي»، لكن»صقور الجديان» لم يمنحوا الفرصة لمنافسهم وقضوا على آماله، حيث آل الفوز في الأخير للسودانيين بهدف المهاجم «دريسة»، ليتأهل الصقور لمواجهة الفراعنة في أول نهائي عربي إفريقي. مصر تعتلي منصة التتويج للمرة الثانية على التوالي في المباراة الثالثة ضمن هذه البطولة والتي وصفت بالنهائي، أقل ما قيل عنه أنه كان نهائيا مثيرا، والذي كان كالعادة ملعب «القاهرة الدولي» أو «ستاد الأهلي « أحد أشهر النوادي الإفريقية محليا وقاريا مسرحا له، وبالضبط في ال29 من شهر ماي، التقى المنتخبان العربيان الإفريقيان مصر والسودان للمنافسة على بطل العرش الإفريقي، حيث سعى «صقور الجديان» في هذه المواجهة للنيل من المستضيف والثأر من إقصائه لهم في النسخة الأولى وتسجيل اللقب الثاني باسمهم، وحيث كانت المباراة متجهة إلى نهايتها أين كانت النتيجة تشير إلى التعادل الإيجابي بعد هدفي كل من المصري عصام بهيج في الدقيقة 12، و السوداني صديق منزول في الدقيقة 65، إلا أن المهاجم بهيج فاجأ الجميع وحقق الهدف الثاني لبلاده قبل دقيقة واحدة من انتهاء المباراة وحسم اللقب لصالح بلاده رغم أن نتيجة التعادل كانت تكفي المنتخب المصري لكون فارق الأهداف سيميل لصالحه. المصري محمود الجوهري هداف الدورة بأهدافه الثلاثة التي حققها في شباك المنتخب الإثيوبي في مباراة الفراعنة الأولى، نال الكابتن محمود الجوهري كما يحلو للمصريين مناداته لقب هداف الدورة، المهاجم المصري الذي أصبح بعدها أحد المدربين الكبار في بلاد الفراعنة، كان نجم النسخة الثانية للبطولة الإفريقية دون منازع، حيث لعب دورا كبيرا في المباراة النهائية وصنع أفراح الجماهير المصرية الغفيرة التي حضرت النهائي في ذلك الوقت. مصر تدخل التاريخ من بابه الواسع دخل المنتخب المصري منشط نهائي بطولة كأس أمم إفريقيا عام 1959 تاريخ هذه المنافسة من بابها الواسع، كونه كان السباق لكتابة اسمه بأحرف من ذهب في هذه البطولة، ذلك لأنه أول منتخب يخوض أولى دورتين لهذه البطولة ويتوج بلقبيها على التوالي عن جدارة واستحقاق.
