Les problèmes d'assainissement des principales villes de la wilaya sont dus à la vétusté et à la saturation des réseaux. Cette situation est créée par le fait que la majorité des nouvelles cités, notamment à Jijel, sont venues se greffer sur d'anciens réseaux, selon les explications du directeur de l'hydraulique lors d'un point de presse, tenu au siège de la wilaya. Celui-ci a reconnu que la majorité des rejets d'assainissement partent dans les oueds, dans la mer ou carrément dans la nature. Des projets sont, cependant, en cours pour réhabiliter ces réseaux, selon le même responsable. A titre d'exemple, il convient de signaler que la station d'épuration de Jijel ne tourne qu'à 30% de ses capacités, en raison du non-raccordement de celle-ci au réseau d'assainissement de la ville. A El Milia, une station d'épuration est en cours de réalisation, alors qu'une étude est lancée pour la concrétisation d'un projet similaire dans la commune d'El Kennar. L'opposition des citoyens ainsi que le manque de bureaux d'étude et d'entreprises spécialisées, demeurent des contraintes auxquelles fait face la réhabilitation des réseaux d'assainissement dans la wilaya.
