La Fédération internationale des droits de l'homme (FIDH) rappelle que quelle que soit la gravité des crimes commis, la peine de mort n'est jamais justifiée, lit-on sur son internet. Selon Patrick Baudouin, président d'honneur de la FIDH, « la peine de mort est la pire des réponses à apporter aux crimes commis par Saddam Hussein, puisqu'on répond à la barbarie par la barbarie ». « En outre, a-t-il ajouté, au-delà de la condamnation absolue de la peine de mort, l'exécution hâtive de Saddam Hussein prive les Irakiens et le monde entier d'un procès global concernant le massacre d'Halabja, l'opération Anfal et le massacre des chiites, qui aurait permis de mettre en lumière les complicités occidentales dont il a joui ». La FIDH, poursuit son communiqué, déplore qu'une occasion historique de juger les crimes de Saddam Hussein selon les normes d'un procès équitable se traduise par une parodie de justice, conclue par une exécution qui ne peut que favoriser le cycle de violence en Irak. D'autres associations de défense des droits de l'homme, comme Amnesty International (AI) et Human Rights Watch (HRW), ont dénoncé les conditions jugées inéquitables du procès d'un homme dont le règne a été marqué par des atteintes massives aux droits de l'homme et des répressions sanglantes. A International « déplore » la pendaison de Saddam Hussein, estimant, dans un communiqué, que ce dénouement représente « une occasion manquée pour obliger l'ancien dictateur irakien » à rendre compte de tous ses crimes passés. Pour Human Rights Watch, « Saddam Hussein était responsable de terribles et nombreuses violations des droits de l'homme, mais ces actes, aussi brutaux soient-ils, ne peuvent justifier son exécution, une punition cruelle et inhumaine », a dit M. Dicker, responsable de HRW dans une déclaration. « On peut juger le respect des droits de l'homme par un gouvernement à la façon dont il traite ceux qui les ont les plus bafoués. L'histoire jugera sévèrement le procès profondément irrégulier de Doujaïl et cette exécution », a-t-il ajouté. Sans intenter de procès au défunt président, La Rencontre africaine pour la défense des droits de l'homme (RADDHO), une Ong basée à Dakar, a qualifié la pendaison d'acte « indigne d'un pays civilisé ». Selon l'ONG, cette exécution « laisse planer beaucoup de doutes qu'un procès équitable aurait pu permettre de lever, violant ainsi le droit à l'information du peuple irakien et du monde entier ».
