La situation de la gare de Béjaïa est symptomatique de l'état d'abandon du réseau ferroviaire par les pouvoirs publics ces dernières années. Les investigations menées par les différentes parties concernées par le renouvellement de ligne Béjaïa-Beni Mançour ont fait ressortir un état de délabrement très avancé du réseau d'assainissement. Il a été constaté l'obstruction des ouvrages et réseaux hydrauliques existants venant de la haute ville et traversant le site de la gare vers l'arrière-port, la stagnation des eaux en surface, le rejet de différentes natures des fast-foods de la gare routière mitoyenne, différents écoulements d'eaux usées à ciel ouvert et la présence d'un importante fuite du réseau d'AEP ou d'une source d'eau à fort débit en contrebas de la station de taxis Sétif-Jijel. Si les opérations de modernisation de la gare n'ont pu avoir lieu dans les meilleurs conditions et délais, c'est que le site est inondé en permanence Dans le but d'arriver à un assainissement général de la gare, la direction régionale de l'ANESRIF a été obligée de solliciter différentes directions au niveau de la wilaya de Béjaïa ainsi que les autorités locales pour la réhabilitation des réseaux afin de les rendre opérationnels, la prise en charge des rejets provenant des restaurants et fast-foods et, enfin, pour assurer le raccordement du réseau de la gare avec celui de l'arrière-port. Outre qu'elles pourront accélérer les travaux de modernisation de la gare, ces opérations contribueront à mettre fin au problème d'inondations à chaque averse que connaissent la gare et les quartiers périphériques.