La méthode de Hahnemann, si elle a soulevé l'enthousiasme d'un grand nombre de médecin, a suscité le pessimisme, voire l'hostilité d'autres encore plus nombreux. Ces derniers se demandent comment on peut soigner avec des médicaments dont on diminue intentionnellement l'efficacité ? Pourtant, Hahnemann parvient à obtenir des résultats là où ses contradicteurs échouaient. Le médecin saxon reconnaît que la préparation des médicaments homéopathiques est très délicate et que sa prise nécessite des précautions. Il écrit : «En général, il est incroyable combien ce médicament, de même que tout autre, perd de sa force lorsqu'on le fait prendre sur du sucre, par exemple, ou qu'après l'avoir instillé dans une liqueur, on ne remue pas celle-ci. Mais il ne faut pas non plus, après avoir remué la dose, la laisser plusieurs heures sans l'administrer : le médicament, ainsi tranquille, subit toujours quelque peu de décomposition, ce qui affaiblit ou même détruit les produits végétaux mêlés avec lui.» Hahnemann trouve un allié inconditionnel dans le duc de Saxe-Gotha qui met à sa disposition son château où le médecin crée son premier hôpital. Les médecins, tenant de la médecine traditionnelle, s'acharnent à le dénigrer. Le professeur Clarus, la plus haute personnalité de Saxe, se met de la partie, en multipliant les rapports contre l'homéopathie. Mais les disciples de Hahnemann se multiplient, en Saxe et en Europe. A 79 ans, Hahnemann s'installe à Paris et y développe l'homéopathie.
