A partir de cette date, Swedenborg, qui, jusque-là, s'était préoccupé de sciences matérielles et d'invention, ne va plus s'intéresser qu'aux âmes et aux esprits. En 1745, il écrit le De cultu et amore Dei où il transcrit ses visions, les ordonnant pour les présenter sous la forme d'un système cohérent. Il affirme avoir accédé au monde des esprits, il aurait communiqué avec les esprits de rois disparus, de personnages bibliques et même d'habitants de la Lune, de Vénus et de Mars ! A côté de ces récits qui font plutôt sourire aujourd'hui, on trouve d'étonnantes descriptions de faits qui se déroulaient à de grandes distances du lieu où Swedenborg se trouvait. Durant les années suivantes, il multiplie les ouvrages sur le monde des esprits, construisant une théorie de l'autre monde en tout point identique à celle du monde visible qu'il a écrite autrefois. Et au terme de sa démonstration, il conclura que les deux mondes, le visible et l'invisible, correspondent entièrement. C'est la fameuse théorie des correspondances. En 1768, il publie son ouvrage le plus célèbre, De amore conjugiali (que Boys des Guays traduira en français sous le titre Les Délices de la sagesse par l'amour conjugal), où Swedenborg explique que la vie conjugale se perpétue dans l'au-delà. En 1769, comme il a annoncé la fin de l'église chrétienne et l'avènement d'une nouvelle Eglise, basée sur son enseignement, les autorités religieuses de Suède déclarent sa doctrine hérétique. Il se rend en Angleterre et, au cours d'une rencontre avec le chef de l'église méthodiste, il annonce le jour de sa mort, le 29 mars 1772. Et c'est en effet ce jour-là qu'il meurt. A sa mort, ses nombreux disciples se sont constitués en sectes, se donnant le nom de Nouvelle église ou Eglise de la Nouvelle Jérusalem qui, de nos jours encore, a ses adeptes.
