Autre preuve d'hivers froids et de fortes précipitations, les blocs et les limons déposés sur les hauts reliefs et les vallées. Les phases chaudes et sèches, elles, ont déposé, dans les vallées, graviers et sables. De ses périodes humides, l'Atakor a hérité d'une végétation plus variée qu'ailleurs dans l'Ahaggar, principalement des armoises et des salsolacées, qui poussent dans les lits des oueds. C'est également sur les sommets de l'Atakor que l'on rencontre les arbustes d'origine méditerranéenne, tels le pistachier, les myrthes de Nivelle et surtout les fameux oliviers de Laperrine, espèces aujourd'hui menacées d'extinction, parce qu'ils ne se reproduisent plus. L'Atakor ne représente que le 16e de la surface totale de l'Ahaggar, mais son importance est des plus grandes : il concentre, sur sa périphérie, l'essentiel de la population de l'Ahaggar, avec notamment Tamanrasset, la capitale de la région. Le peuplement des vallées du massif est très ancien, ainsi que le montrent les vestiges des époques préhistoriques : gravures et peintures rupestres, poteries, monuments funéraires protoberbères, dont le fameux tombeau d'Akkar.
