La guerre de Sécession va durer plusieurs mois et causer de lourdes pertes aux belligérants. Lincoln lui donnera une tournure politique en proclamant, en septembre 1862, l'abolition de l'esclavage et l'émancipation de tous les Noirs. Après avoir essuyé des échecs, l'armée fédérale remporte des succès. La guerre va durer encore jusqu'en 1865. En 1864 se tient l'élection présidentielle au cours de laquelle Lincoln est réélu. L'année suivante, la ville de Richmond, le dernier noyau de résistance sudiste, se rend ; le général Lee, chef des forces sécessionnistes, se rend au général Grant. C'est la fin de la guerre. Lincoln visite Richmond puis rentre à Washington. C'est un homme comblé, mais au cours d'une réception il paraît bien triste à ses amis. «Je crois aux rêves, dit-il à ses invités. Dans 16 chapitres de L'Ancien Testament, on mentionne les rêves... Ainsi, les choses viendraient à notre connaissance par le rêve.» Il s'arrête un moment pour voir l'effet provoqué par ses propos puis continue : «L'autre soir, j'ai fait un rêve étrange. J'étais à la Maison-Blanche et j'entendais pleurer une foule que je ne voyais pas. Je suis entré dans une pièce, il n'y avait personne, je suis entré dans une autre et j'ai vu un catafalque gardé par des soldats. Je me suis dit que la personne qui était déposée là devait être importante pour que son cercueil soit gardé. Je me suis approché et j'ai demandé à un soldat qui était mort. ''C'est, me répondit-il, le président des Etats-Unis, il a été assassiné.''» Quelques mois après, le 14 avril 1865, alors que Lincoln se trouvait au théâtre, un acteur fou, John Wilkes Booth, lui tire dessus et le tue.