Dans Fitna, guerre au cœur de l'islam, sorti le 2 septembre aux éditions Gallimard, l'islamologue Gilles Kepel analyse les attentats, les évènements du 11 septembre 2001, la guerre en Irak, le conflit israélo-palestinien et les enjeux de l'Islam en Europe. « Le livre Fitna est né des circonstances exceptionnelles que traverse le Moyen-Orient à la suite du 11 septembre, de l'urgence à mieux connaître la région au moment où celle-ci subit des bouleversements inouïs », précise l'auteur. Le livre commence avec l'analyse d'un texte arabe du médecin égyptien Ayman Al Zawahiri, idéologue d'Al Qaîda et mentor de Ben Laden. Ce manifeste, intitulé Cavaliers sous la bannière du Prophète, qui circule depuis décembre 2001 sur internet, fournit la justification politique des attentats du 11 septembre 2001 dont Al Zawahiri est un des instigateurs. « Le docteur Zawahiri établit d'abord un sombre diagnostic pour les années 1990 au regard des espoirs qu'avait fait naître le jihad triomphant en Afghanistan. De l'Egypte à la Bosnie, de l'Arabie Saoudite à l'Algérie, les activistes jihadistes ont partout échoué en définitive à mobiliser derrière eux les “masses musulmanes“ pour abattre les régimes au pouvoir qualifiés d'« ennemi proche ». Pour renverser le cours de ce déclin, il faut changer radicalement de stratégie en frappant un grand coup contre les Etats-Unis », écrit Kepel. L'objectif premier de Ben Laden et d'Al Zawahiri est de « mener une guerre au cœur de l'islam, destinée d'abord et avant tout à assurer aux militants jihadistes l'emprise sur les esprits de leurs coreligionnaires afin d'instaurer partout, par la lutte armée, l'Etat islamique ». L'auteur indique que les attentats du 11 septembre 2001 interviennent « au croisement de deux logiques sous-jacentes, chacune porteuse d'un projet majeur de transformation radicale du Proche-orient : les jihadistes d'un côté, les néoconservateurs américains de l'autre ». L'offensive américaine en Irak « ouvre la boîte de Pandore »... « Ce chaos, qui met en péril le Moyen-Orient, qui menace ses lieux saints et déchire le tissu social, représente la hantise séculaire des oulémas. Ils le nomment fitna ou guerre au cœur de l'islam ». Gilles Kepel observe que « face au terrorisme et aux impasses de la "guerre contre la terreur", plus qu'à New York et à Washington, à Gaza, Riyad ou Baghdad, c'est dans les banlieues européennes que se joue la bataille de longue haleine par où s'achèvera la guerre au cœur de l'islam ».