Les centres de recherche scientifique et technique placés sous la tutelle du ministère de l'Enseignement supérieur et de la Recherche scientifique (CRASC, CRSTRA, CTRSTDLA, CSC, CERIST, CDTA, CDER, CRAPC et CREAD) sont désormais soumis à des modèles d'organisation fixés par arrêtés interministériels. Une batterie d'arrêtés promulgués conjointement par le ministère de tutelle et celui des Finances, ont été publiés à cet effet au Journal officiel n°2 du 7 janvier 2007. L'organisation interne de ces 9 centres de recherche est articulée autour de départements administratifs et techniques et de divisions de recherche. Si les prérogatives des départements sont à peu près les mêmes pour tous les centres de recherche concernés (ressources humaines, finances et comptabilité, moyens et maintenance, documentation et valorisation des résultats de la recherche), celles accordées aux divisions de recherche varient au gré des préoccupations scientifiques propres à chacun d'eux. Le nombre de divisions retenues, quatre en l'occurrence, reste toutefois le même pour tous les centres de recherche. Cette organisation à laquelle on reproche déjà d'avoir été conçue sans concertation avec les chercheurs concernés serait, de l'avis de certains d'entre eux, exagérément bureaucratique. La part belle serait faite à l'administration qui dispose d'une pléthore de départements alors que la recherche, qui est la raison d'être des centres en question, est limitée à seulement quatre divisions.
