L'Europe a pu maintenir, pendant les siècles obscurs du Moyen-age, une tradition phytothérapique, en récupérant des bribes de l'héritage antique et en empruntant beaucoup aux musulmans. Mais comme la plante était liée aux pratiques magiques, différents conciles (assemblées d'évêques) ont interdit la médecine dans les monastères. Il faut dire, qu'à l'époque, la médecine était surtout dévolue aux prêtres et que, dans les monastères, on entretenait des jardins de plantes médicinales. Sous l'influence des grands maîtres musulmans, comme Ibn Sina (Avicenne) et Al-Razî (Razès), un enseignement médical était donné dans les premières grandes écoles médicales, comme celles de Salerne et de Montpellier. la pharmacie s'y développe aussi. C'est la grande période des apothicaires, sortes de pharmacies où on préparait des drogues à base de plantes. Montpellier, sous l'influence de son école de médecine, devient le premier centre de phytothérapie d'Europe. Mais la médecine, d'une façon générale, n'était pas encore débarrassée du fatras de superstitions et de mythes qui entouraient, la connaissance à cette époque. La renaissance européenne va faire entrer, avec les grandes découvertes géographiques, de nouveaux produits, d'Amérique et des Indes : thé, cacao, café, quinquina, ipéca… Des produits alimentaires, mais aussi médicinaux. Des études sont menées par divers chercheurs. La médecine commence à s'émanciper des mythes du moyen-age et à devenir une pratique scientifique.
