Les Arabes l'atteignent au VIIIe siècle et la population adhère à la nouvelle religion. Les royaumes berbères (Almoravides, Almohades, Mérénides et Zianides de Tlemcen) vont se la disputer tout au long du Moyen Age. Sous prétexte de punir les corsaires qui s'y cachaient, le roi de Sicile la fait attaquer et détruire en 1141. A partir du XVe siècle, Cherchell va devenir un refuge pour les musulmans d'Espagne, chassés par la Reconquête. En même temps, ils vont grossir sa population et introduire le mode de vie andalou qui va lui donner un cachet particulier. C'est de cette époque que date la grande mosquée que les Français transformeront en hôpital. Les Turcs, appelés à l'aide par des villes algériennes menacées par les Espagnols, vont faire de Cherchell l'une de leurs bases défensives la plus active contre les incursions européennes. C'est ainsi qu'en 1531, Andrès Doria, envoyé par Charles Quint, n'arrive pas à la prendre en dépit d'une flotte de 20 galères. En 1655, c'est au tour du Français Beaufort d'être refoulés, avec ses six vaisseaux. En 1682, son compatriote Duquesne, à la tête de près d'une trentaine de vaisseaux, bombarde la ville, mais doit, lui aussi, rebrousser chemin. Cherchell acquiert ainsi la réputation d'une ville imprenable.
