En fait, la soumission n'est qu'apparente puisqu'en 1916, encouragés par la révolte de Kawsen, un chef noble de l'Aïr (Niger), l'Ahaggar s'embrase. Les postes français sont attaqués et le père de Foucauld, religieux installé à Tamanrasset, est tué. Des représailles s'ensuivent poussant la population à se révolter. Musa Ag Amastan, qui, au moment des évènements, nomadisait dans le nord du Niger, revient dans l'Ahaggar et parvient à obtenir l'amnistie pour ses vassaux entrés en guerre. Kawsen battu, l'Aïr fait son allégeance à ce dernier. Tout le Sahara est désormais sous le contrôle de l'administration française. Moussa retrouve son autorité et la reddition du sultan de Djanet, en 1920, va lui permettre de prendre possession de cette ville. Mais son commandement n'est qu'une façade, puisque le pouvoir réel est exercé par les Français. Les Amenokals qui lui succéderont seront, eux aussi, contraints de collaborer avec l'administration coloniale, jusqu'à l'indépendance de l'Algérie, en juillet 1962. Depuis, l'Ahaggar, comme d'autres régions du pays, connaît de profonds bouleversements socio-économiques. L'exploitation des gisements de minerais qu'il possède (uranium, minerai de fer, cuivre, diamants) va accélérer encore plus son développement.
