En 1830, alors que les Français s'emparaient d'Alger, Al-Khadj Akhmed Ag al Khadj al Bekri prend le commandement de l'Ahaggar, succédant à son oncle maternel, Ag Mama, devenu incapable, par son âge - centenaire - d'exercer le pouvoir.. Al- Khadj Akhmed va initier une politique de développement de l'Ahaggar, en développant des centres de culture, confiés à des cultivateurs du Tidikelt, ce qui permet d'assurer à la région des ressources alimentaires permanentes. Les centres les plus connus sont ceux de Tazrouk, Idelès et Abalessa. Mais Al-Khadj entre en guerre contre les Kel Gela et périt au cours d'une bataille en 1877. Son successeur, Ahitaghel Ag Mokhamed Biska , est confronté aux visées coloniales françaises sur le Sahara. Le massacre de la colonne Flatters, en février 1881, arrête leur avancée. Mais en 1900, à la mort d'Ahitaghel, les Français s'installent à In Salah et se fixent sur les territoires du Soudan (actuel Mali). Les neveux utérins de Ahitaghel se disputent sa succession et parviennent tous les deux au pouvoir. Les rivalités vont continuer, ce qui va inciter les Français, installés à In Salah, à intervenir. Les Touareg sont vaincus, en avril 1902, à la bataille de Tit, à 40 km de Tamanrasset. Les nomades fuient leurs campements, la région est sous la menace d'une occupation. En 1904, un guerrier noble, Musa Ag Amastan, fait sa soumission aux Français qui le nomme chef de l'Ahaggar et le font reconnaître amenokal.
