Les Aurès deviennent un important centre du christianisme africain : des villes comme Thamugadi ou Mascula enregistreront, au temps de la persécution, de nombreux martyrs. Le pays se couvrira ensuite d'églises et d'évêchés, mais le vent de l'hérésie — en fait une forme d'opposition à la domination romaine, qui avait adopté le christianisme comme religion d'Etat— allait gronder sur la région et maintenir pendant longtemps une atmosphère de révolte non seulement contre l'Eglise officielle, acquise à l'occupant, mais aussi contre la domination romaine. C'est ainsi que la plupart des villes des Aurès, prendront le parti de Donat, le chef numide du schisme donatiste, qui a failli bouter les Romains hors d'Afrique. Des villes comme Thamugadi seront même des centres actifs du donatisme (congrès, en 397 des évêques donatistes) et subiront une répression terrible de la part du colonisateur. Les donatistes s'allient aux Circoncellions, paysans berbères pauvres, en guerre contre les Romains. Des combats de rues éclatent à thamugadi, théveste (Tébessa), Mascula (Khenchela). A Bagaïa (aujourd'hui Ksar Baghaï) les insurgés, réfugiés dans l'église de la ville, seront massacrés jusqu'au dernier.
