En 1298, la ville de Honaïne se lie aux Mérénides. Le souverain d'alors, Abû Ya'aqub devait renforcer sa défense, en érigeant des murailles. D'ailleurs, la ville n'a pas eu à souffrir avec le siège de Tlemcen qui a duré huit ans. En 1335, les Mérinides reviennent, sous le règne d'Abû l Hasan, qui va doter la ville de beaux bâtiments de style mérénide. La décadence de Tlemcen devait entraîner celle de Honaïne, mais la ville allait garder encore un certain temps son prestige. C'est ainsi, par exemple, que lorsque Oran a été occupée par les Espagnols, les bateaux vénitiens qui avaient gardé de bons contacts avec les commerçants maghrébins, allaient détourner leur commerce vers Honaïne. Au XVIe siècle, quand Jean-Léon l'Africain la découvre, il est étonné de trouver une population très affable et laborieuse. Il y a visité des demeures luxueuses, décorées de faïence, ce qui démontre encore une certaine prospérité de la ville. Mais Honaïne était en train de vivre ses derniers jours d'une cité paisible, tournée vers le commerce. Les Turcs finissent par la prendre et vont faire d'elle – l'une de leurs bases – pour contrer les navires européens.
