Classé 3e en Algérie, ce cours d'eau est affecté par une grave pollution. Il se présente, selon la même source, en véritable décharge à ciel ouvert tout le long de son lit. Le Seybouse reçoit quotidiennement tous les déchets domestiques provenant des villes ainsi que des unités industrielles se trouvant sur son parcours. De Souk- Ahras à El Tarf en passant par Guelma et Annaba, cet oued qui présente un grand intérêt pour les populations, notamment les agriculteurs, périt sous le poids d'une pollution diversifiée et démesurée. M.Halimi, président de l'Association nationale pour la protection de l'environnement, tire la sonnette d'alarme, quant à cette catastrophe provoquée, qui met en péril non seulement l'équilibre de l'écosystème mais encore menace la santé publique en général. Les eaux de la Seybouse, indique la même source, renferment des polluants hautement toxiques très dangereux pour la consommation, l'agriculture et l'industrie. L'Anpep, et face à cette menace de pollution, lance un appel pressant pour la prise de conscience afin de mettre un terme à la dégradation de ce cours d'eau qui concourt à la mise à mort de la faune et de la flore. L'association ne ménageant aucun effort pour rétablir les lois de la nature, a soumis en mars de l'année 2004, un projet ambitieux relatif à la prise en charge de l'oued Seybouse. Ce projet vise la création d'une réserve naturelle et l'élaboration d'un plan de coordination entre différents intervenants publics et privés avec évaluation qualitative et quantitative des déchets. Le tout couronné par une vaste action d'information sur les risques qui menacent la Seybouse. Il est confirmé par l'Anpep que 600 millions de mètres cubes d'eaux usées sont déversées dans l'oued, ce qui est préjudiciable pour la santé publique.
