ذكرت تقارير استخباراتية أن هناك تعاونا بدأ ينشط مؤخرا بين أجهزة المخابرات الأمريكية والإسرائيلية والفرنسية، لتنفيذ مخطط يهدف إلى تقسيم السودان إلى ثلاث دويلات، ورسم خريطة جديدة لهذه الدولة العربية. وقالت معلومات بثها موقع "ديبكا" الاستخباري الإسرائيلي نقلا عن مصادر استخباراتية افريقية: إن أجهزة المخابرات المذكورة تعمل حاليا على تفكيك السلطة في الخرطوم عبر عملاء داخليين وحركات متمردة، وبعدها سيتم إقامة ثلاث دول كونفدرالية: تشمل دولة السودان الإسلامية في الشمال، ودولة دارفور، ودولة في الجنوب. وحسبما ذكر موقع "النيلين" الالكتروني، قالت المصادر الاستخباراتية: ان ال "سي أي اي" الأمريكي وال "دجسي" الفرنسي و"الموساد" الإسرائيلي أقاموا مركزين رئيسيين لانطلاق مخططاتهم، الأول يعمل في تشاد والثاني في مركز التنسيق المشترك بين أجهزة المخابرات الثلاثة ومقره جيبوتي، وسيعمل الضباط الإسرائيليون والفرنسيون من مركز تشاد. وأفادت المعلومات أن جهاز الموساد الإسرائيلي يأتي في مقدمة أجهزة مخابرات دول عديدة متورطة في مخطط التقسيم، وأن مخاطر الانفصال لا تقتصر على السودانيين فقط، فهناك أخطار عديدة تتربص بمصر، أهمها مسألة تأمين الجنوب من الوجود الإسرائيلي؛ إذ تخشى القاهرة من أن يصبح الجنوب ممولا لجهات معادية. وتقول تقارير إعلامية أنه من المتوقع على نطاق واسع أن يختار الجنوبيون الاستقلال في الاستفتاء لكن محللين حذروا من خطورة العودة إلى الصراع إذا عرقل الشمال الاقتراع أو رفض تسليم السيطرة على حقول النفط الجنوبية المربِحة. وكانت دراسة للمعهد الوطني الديمقراطي ومقره الولاياتالمتحدة، كشفت في وقت سابق أن الغالبية الساحقة من السودانيين الجنوبيين ستصوِّت لصالح قيام دولة مستقلة في الجنوب في الاستفتاء المقرر إجراؤه في 9 يناير 2011 طبقاً لاتفاق السلام لعام 2005 الذي أنهى الحرب الأهلية التي استمرت أكثر من 20 عاماً مع الشمال.