زعم مسئولون أمريكيون سابقون في تقرير أنّ المخابرات الأمريكية اقتربت أكثرَ من مرَّةٍ من اعتقال الرجل الثاني في تنظيم القاعدة، أيمن الظواهري، وفي أكثر من مناسبة. وقال التقرير: إنه في فبراير من عام 2003، التقى أيمن الظواهري في مدينة بيشاور الباكستانية مع أحد كبار القيادات في تنظيم القاعدة، وكان هذا القيادي ملاحَق من قِبل عملاء وكالة الاستخبارات الأمريكية CIA. غير أنه وفقًا للمسئولين، لم يكن للوكالة الاستخبارية الأمريكية علم بموقع مؤكّد لخالد شيخ محمد، قبل أن يصلها معلومات مؤكدة في اليوم التالي، مما مكّن أجهزة الاستخبارات الباكستانية من القبض عليه في مدينة أخرى. وقال المسئول السابق لوحدة ملاحقة أسامة بن لادن في الاستخبارات الأمريكية، مايكل شيور، إنه لم يكن لدى الوكالة علم بلقاء الظواهري وخالد شيخ إلا بعد أن تكشفت الحقائق لاحقًا. وقال مسئول أمريكي: إنّ الاعتقاد السائد في ذلك الوقت هو أن الظواهري كان يتجول في أنحاء باكستان ويلتقي بكبار مسئولي تنظيم القاعدة بصورة متكررة وفي مواقع مختلفة. وأضاف المسئول أنّه لو تمت معرفة المخابئ المحددة للظواهري لتم القبض عليه أو التصرف حيال ذلك. وفي مارس عام 2004، برزت فرصة أخرى لاعتقال الظواهري عندما زوّدت الولاياتالمتحدة السلطات الباكستانية بمؤشرات حول مكان وجوده، وأنه قد يكون مختبئًا في إحدى المناطق الجبلية في جنوب وزيرستان. وقال المسئول الأمريكي: إن الاعتقاد السائد آنذاك هو أن الظواهري "قد يكون هناك" وأن الباكستانيين تصرفوا بناء على ذلك، حيث قاموا بقصف المكان، غير أن الظواهري نجا من ذلك الهجوم، "إذا كان هناك." وبحسب التقرير الذي نشرته شبكة "سي إن إن"، فإن ظهور الظواهري المتكرر كان قد جعله عرضة للخطر أكثر من زعيم التنظيم أسامة بن لادن، حيث ظهر منذ هجمات 11 سبتمبر في 32 تسجيلاً مصورًا و40 تسجيلاً صوتيًا، مقارنة بسبع تسجيلات فيديو و29 تسجيلاً صوتيًا لابن لادن. وكان مسئول رفيع المستوى في حلف شمال الأطلسي "الناتو" قد قال في أكتوبر الماضي: إن الاعتقاد السائد هو أن زعيم تنظيم القاعدة، أسامة بن لادن، ومساعده، أيمن الظواهري، يختبئان قريبًا من بعضهما في مساكن في شمال غربي باكستان، وهما لا يتواجدان معًا. وأوضح المسئول، الذي رفض الكشف عن هويته نظرًا لحساسية المسائل الاستخباراتية، أن "لا أحد من عناصر تنظيم القاعدة يختبئ في كهوف"، وأن كبار مسئول التنظيم يعيشون براحة نسبية، وأنهم يحظون بحماية السكان المحليين وبعض أعضاء جهاز الاستخبارات الباكستانية. وفي وقت سابق، ذكرت أجهزة الاستخبارات الغربية أنها توصلت إلى وضع صورة جديدة ومفصلة حول تحركات زعيم تنظيم القاعدة، أسامة بن لادن، في السنوات اللاحقة لهجمات الحادي عشر من سبتمبر عام 2001، واقتربت من القبض عليه أو قتله، وفقًا لما كشفه مسئول استخباراتي أوروبي سابق. وقال المسئول الاستخباراتي الأوروبي، الذي رفض الكشف عن هويته، إنّه في العامين 2003 و2004 قدم مخبر على الحدود الأفغانية الباكستانية، وعلى صلة مع كبار قادة تنظيم القاعدة، معلومات مفصلة ودقيقة حول تحركات بن لادن، غير أنّ هذه المعلومات لم تكن حديثة بما فيه الكفاية لأجهزة الاستخبارات الغربية بحيث تتمكن من اعتقال بن لادن.