أفادت تقارير صحافية بمطالبة الأنبا شنودة الثالث قيادات الكنيسة قبل رحيله بالوقوف ضد تطبيق الشريعة الإسلامية على الأقباط، لاسيما في الأحوال الشخصية· وذكرت تقارير صحافية أن بابا الأقباط طالب قبل موته القيادات بالالتزام بالشريعة المسيحية في هذا الشأن، والضغط بكل ما لديهم من قوة من أجل وضع مادة في الدستور الجديد تنص على أن الشريعة المسيحية لها القول الفصل في مشاكل الأقباط الشخصية، وليست القوانين المدنية أو الشريعة الإسلامية· ولفتت المصادر إلى أن بابا الأقباط شدد على ضرورة عدم إعادة النظر في تنفيذ أحكام القضاء الصادرة لصالح نحو 15 ألف قبطي بالزواج الثاني؛ لأنها تخالف الشريعة المسيحية التي لا تعترف بالزواج الثاني، إلا في حالة وفاة الزوج أو الزوجة أو وقوع أحدهما في الزنا، وأكد لهم ضرورة إظهار قرار رئيس المحكمة الدستورية العليا التي أوقف فيها تنفيذ هذه الأحكام· وأشارت المصادر، حسبما نقل موقع (إيلاف)، إلى أن البابا عقد اجتماعًا مع قيادات الكنيسة عندما اشتد عليه المرض في بداية شهر مارس الماضي، وأوصاهم بعدم التفرق أو الاختلاف من بعده حول طريقة اختيار البطريريك الجديد، وألا يتم تعديل لائحة انتخاب خليفته، وأن يظل الترشح للكرسي البابوي مقصورًا على الرهبان والأساقفة العموم فقط، حتى يظل المنصب روحانيًّا ودينيًّا بالأساس، وليس منصبًا دنيويًّا، كي لا يتسرب إلى شاغله والمحيطين به الفساد، لكنه أبدى مرونة بشأن تعديل بعض بنود اللائحة الخاصة بالناخبين من الأراخنة أي وجهاء الأقباط لتوسيع دائرتهم، حتى يشارك أكبر عدد منهم في اختيار البابا· ووفقًا للمصادر، فإن انسحاب الكنيسة من اللجنة التأسيسية للدستور جاء بعد أن استشعر ممثلوها أن الإخوان والسلفيين لا قبول لديهم فيما يخص تضمين الدستور مادة تنص على حق غير المسلمين في الاحتكام إلى شرائعهم الخاصة في الأحوال الشخصية، ولفتت إلى أن المجمَّع المقدس لجأ إلى المجلس العسكري في هذا الصدد، وحذره من الغضب القبطي في حالة الإصرار على تطبيق الشريعة الإسلامية عليهم فيما يخص الأحوال الشخصية· وقال الدكتور نجيب جبرائيل، مستشار الكنيسة: إن الأقباط يطالبون بالاحتكام إلى شرائعهم فيما يخص الأحوال الشخصية، مشيرًا إلى أن هذا الأمر لا يخالف الشريعة الإسلامية التي تسعى التيارات الإسلامية إلى تطبيقها، وأوضح أنها تنص على أن يتم الفصل بين أهل الكتاب وغير المسلمين بشرائعهم، معتبرًا أن آلاف الأحكام القضائية الصادرة للأقباط بالطلاق أو الزواج الثاني صدرت بناء على الشريعة الإسلامية وليس المسيحية· ولفت إلى أن (المجمع المقدس) أصدر بيانًا حدد فيه مطالب الأقباط من الدستور الجديد، وأهمها تضمينه نصًّا يجيز لهم الاحتكام إلى (الشريعة المسيحية)، وأن تكون مصر دولة مدنية تُحترم فيها حقوق الإنسان وتقوم على المساواة والمواطنة، من دون تفريق بين المواطنين على أساس اللون أو الجنس أو العرق·