تجددت الخلافات بين شريكي الحكم في السودان بشأن التعامل مع المحكمة الجنائية الدولية على خلفية تحريك المدعي العام للمحكمة لويس مورينو أوكامبو لمذكرته المطالبة بملاحقة الرئيس السوداني عمر البشير بتهمة ارتكاب جرائم إبادة في إقليم دارفور.فقد دعت الحركة الشعبية لتحرير السودان على لسان أمينها العام باقان أموم الحكومة في الخرطوم وشريكها في الحكم حزب المؤتمر الوطني إلى التعامل مع المحكمة الجنائية الدولية قانونيا لتجنيب البلاد خطر المواجهة مع المجتمع الدولي.جاء ذلك في الاجتماع الثالث للمكتب السياسي للحركة الشعبية في مدينة جوباجنوب السودان تناول أهمية إيجاد ما سمته مخرجا يجنب البلاد الكثير من المصاعب في مواجهة تحديات الأزمة الداخلية والخارجية.لكن هذه الرؤية رفضها المؤتمر الوطني، كما قلل من أهمية دعوة شريكه في الحكم، وأشار إلى أن رفض التعامل مع المحكمة الجنائية جاء من مؤسسات الدولة التشريعية والتنفيذية وليس من الحزب.وتناول اجتماع جوبا قضايا أخرى لا زالت محل خلاف مع المؤتمر الوطني خاصة تلك المتعلقة بتعديل قوانين التحول الديمقراطي وعلى رأسها قانون الأمن الوطني وما يمنحه من صلاحيات الاعتقال والقبض وصلاحية تعيين رئيس الأمن والمخابرات.كما شددت الحركة الشعبية على ضرورة إجراء الانتخابات القادمة في موعدها المحدد.في سياق متصل بالخلافات اتهمت الحركة الشعبية القوات المسلحة في شمال السودان بحشد القوات "على نحو يخالف الدستور" في ولاية جنوب كردفان الغنية بالنفط.
