يتكون الهيكل التنظيمي لجماعة الحوثيين من القائد العام والمجلس السياسي ثم القادة الميدانيين فمن هم أبرز قادة التمرد على الدولة اليمنية؟ يأتي على رأس هرم جماعة الحوثيين المتمردة في اليمن عبدالملك الحوثي وهو يمثل القائد العام للجماعة والأب الروحي وشقيق المؤسس حسين الحوثي وتمثل أسرة الحوثي القيادة الحصرية لهذه الجماعة التي سميت باسمها. بعد ذلك، يحل المكتب السياسي الذي لا يعرف عدد أعضائه على وجه الدقة غير أن أبرزهم يوسف الفيشي ومحمد البخيتي ومهدي المشاط وصالح هبرة ومحمد علي الحوثي، وصالح الصماد ويحي القحوم وطه المتوكل ومحمد عبدالسلام ومحمد المقالح وعبدالكريم الخيواني وحسين العزي، وتعتمد آلية اختيار الأعضاء في المجلس السياسي على عدة عوامل أولها الانتماء إلى الطائفة اليزيدية ثم من أسرة الحوثي وأبناء عمومته. وشهد المجلس السياسي للحوثي حالات انشقاق أبرزها القيادي علي البخيتي الذي ظل يقول إن المجلس السياسي لادور له في اتخاذ القرارات وأن دوره ينحصر في تنفيذ أوامر عبدالملك الحوثي. ثم تأتي القيادة الميدانية التي تدير المعارك وعلى رأسها أبوعلي الحاكم وعبدالخالق الحوثي واللذان فرضت عليهما عقوبات من مجلس الأمن بعد دخول الحوثيين صنعاء.