L'Administration américaine ne s'est pas contentée du démenti apporté par le magazine Newsweek à son article affirmant que le Coran avait été profané à la prison de Guantanamo, puisqu'elle a mené sa propre enquête. Et le résultat auquel celle-ci a abouti n'est pas fondamentalement différent de ce qu'écrivait l'hebdomadaire. Personne en effet n'avait parlé d'action systématique, ce qui aurait amené à parler de politique décidée par les plus hautes instances. C'est le Pentagone qui a mené l'enquête et ses conclusions établissent certains faits tels que rapportés par le média américain qui s'était en fin de compte rétracté après que sa « Gorge profonde » ait elle-même douté de son information, certainement au regard des graves conséquences que cette information avait entraînées comme les manifestations antiaméricaines avec mort d'hommes comme en Afghanistan, et en fin de compte l'image désastreuse pour les Etats-Unis à travers le monde. Cette enquête reconnaît quelques incidents, mais conclut que le Coran a été globalement traité avec respect dans le centre de détention. « L'enquête n'a trouvé aucune preuve crédible qu'un membre de la Force de frappe conjointe (JTF) à Guantanamo Bay (Cuba) ait jamais jeté un exemplaire du Coran dans des toilettes », selon ses conclusions rendues publiques vendredi soir par le Commandement Sud dans un communiqué. « Cette affaire est considérée comme close. » Le rapport en question indique que « sur 31 000 documents couvrant 28 000 interrogatoires et d'innombrables interactions avec les détenus, le Commandement Sud a découvert 5 cas de traitement apparemment irrespectueux du Coran par des gardiens ou des enquêteurs et 15 cas de traitement irrespectueux et de véritable profanation par des détenus », a déclaré Lawrence Di Rita, porte-parole du Pentagone. Parmi les fautes avérées attribuées à des militaires américains, l'enquête cite le cas d'un garde qui a donné un coup de pied dans un exemplaire du Coran en février 2002 dans une cellule. En août 2003, deux détenus se sont plaints de ce que leurs Corans avaient été mouillés par des gardes qui jouaient avec des ballons remplis d'eau. Le même mois, un autre prisonnier a montré une obscénité écrite en anglais sur la page de garde de son Coran, sans que le responsable puisse être identifié. Une autre fois, un enquêteur a marché sur le Coran d'un détenu qu'il interrogeait, puis lui a présenté ses excuses, qui ont été acceptées, toujours selon le Pentagone. Enfin, en mars 2005, un prisonnier s'est plaint de ce que lui-même et son Coran avaient été aspergés d'urine, entrée dans sa cellule par une bouche d'aération. L'enquête a déterminé que le vent avait poussé dans le système de ventilation de l'urine d'un garde sorti pour se soulager contre le mur. Le garde a été réprimandé et affecté à un autre poste. Au regard des conclusions de cette enquête, ce seraient tout au plus des cas isolés. Le Pentagone avait ouvert cette enquête après la publication le 2 mai d'un article du magazine Newsweek qui rapportait, citant un responsable américain anonyme, qu'un Coran avait été jeté dans les toilettes à Guantanamo. L'article de Newsweek avait entraîné des émeutes en Afghanistan, causant la mort d'une quinzaine de personnes, et provoqué des manifestations dans le monde musulman. Est-ce que cette enquête mettra fin à ce sentiment de colère ?