Dans le cadre du contrôle du commerce extérieur, la douane occupe une position centrale dans l'application des nombreuses mesures de contrôle. Elle s'emploie à concevoir et à mettre en place un système de contrôle moderne et efficient apte à répondre aussi bien aux attentes des entreprises qu'aux impératifs de lutte contre la fraude, conformément aux dispositions des articles 2 à 7 de l'ordonnance n°03-04 du 19 juillet 2003 relative aux règles générales applicables aux opérations d'importation et d'exportation de marchandises. Le directeur de formation au niveau de la direction générale des douanes algériennes, M. Mourad Mostghanmi, a déclaré sur les ondes de la Chaîne III qu'il faut mettre en place un laboratoire de contrôle des produits chimiques afin d'éviter de transformer nos enceintes portuaires ou aéroportuaires en déversoirs de produits chimiques. "Il faut avoir une traçabilité sur les produits importés, ce qui demande un certain savoir-faire et la maîtrise de l'informatique. Ainsi, le suivi de la traçabilité est un problème auquel le système harmonisé algérien malheureusement ne répond pas", a-t-il ajouté. Parmi d'autres problèmes qui entravent le contrôle du commerce extérieur, M. Mostghanmi, a parlé du problème de contrôle documentaire c'est-à-dire que les factures des produits ne correspondent pas toujours à la qualité et volume réellement importés. Enfin M. Mostaghnmi n'a pas exclu l'existence des produits importés et qui sont toxiques ou nocifs, sur marché algérien, à cause du manque de maîtrise de leur traçabilité en temps réel.