Le soutien financier de l'Etat à ces entreprises grève son budget. Les entreprises publiques consomment de la richesse plus qu'elles n'en créent. L'assainissement financier des entreprises publiques grève le budget de l'Etat. Le rapport d'appréciation de la Cour des comptes sur l'avant-projet portant règlement budgétaire de l'exercice 2016 fait état de 1 860,70 milliards de dinars en dettes d'assainissement au 31 décembre 2016. "La dette d'assainissement porte notamment sur la dette d'assainissement des EPE dissoutes, le rachat de la dette des agriculteurs et les obligations de recapitalisation des banques publiques", précise le document. Dans son livre L'Algérie, sortir de la crise, publié en 2015, l'ancien ministre des Finances Abdelatif Benachenhou relavait que "les nombreuses et importantes mesures financières adoptées depuis vingt-cinq ans n'ont pas réglé les problèmes structurels des entreprises publiques, alors que leur coût pour le Trésor a déjà dépassé les 35 milliards de dollars". Un véritable gouffre financier. Beaucoup d'entreprises consomment de la richesse au lieu d'en créer. "Elles plombent non seulement la croissance mais aussi la faculté de l'économie à se régénéré", écrivait M. Benachenhou. Le Fonds monétaire international (FMI) estimait à 1 517 milliards de DA pour l'année 2016 l'impact financier lié à l'engagement de l'Etat en faveur de ses entreprises. "Les liens financiers entre les entreprises publiques, d'autres entités du secteur public et les banques publiques sont multiples et constituent des canaux d'interaction systémique, l'administration centrale servant souvent d'intermédiaire", a constaté le FMI. Ce dernier a averti que "les liens macrofinanciers au sein du secteur public risquent d'exacerber l'impact des risques budgétaires ou de liquidités qui peuvent se manifester à n'importe quel niveau du secteur public. Ainsi, les difficultés rencontrées par une entreprise publique donnée peuvent se propager, de façon directe ou par l'intermédiaire d'autres entités, aux banques publiques et/ou à l'administration". Selon le FMI, les créances sur certaines grandes entreprises publiques sont une source de risque pour certaines banques publiques. "Cette concentration de risques est quelque peu atténuée par le fait que les banques publiques restent bien capitalisées et rentables, et que la plupart des créances sont garanties par l'Etat", a souligné l'institution de Bretton Woods. Cependant, le FMI estime que "la persistance éventuelle de vastes déficits budgétaires pourrait entraîner le retour des insuffisances de liquidités qu'a connues le secteur financier en 2016 et 2017, lorsque la baisse des recettes pétrolières s'est traduite par des arriérés envers les entreprises et les banques, ce qui a réduit leurs marges de trésorerie et s'est ressenti dans l'ensemble de l'économie". Toutes les réformes et tous les efforts d'organisation entrepris depuis les 25 dernières années n'ont pas été suffisants pour permettre l'édification d'un appareil de production apte à s'insérer de façon réussie dans l'économie mondiale. Les travaux de restructuration du secteur public entrepris depuis le lancement des réformes économiques ont porté sur le portefeuille des sociétés mères que sur le périmètre des entreprises publiques économiques (EPE). La répartition des EPE entre les différentes structures chargées de la gestion des participations de l'Etat a été faite de manière administrative, le critère de regroupement par secteurs homogènes d'activité étant la règle depuis 1995. Les logiques semblent répondre davantage au besoin de faciliter le travail administratif qu'à développer la compétitivité. L'autonomie des entreprises publiques — objectif fondamental des réformes de 1998 — a constamment régressé au fur et à mesure des lois régissant les EPE. À cela s'ajoute le mode de nomination des dirigeants. Le clientélisme continue, encore aujourd'hui, à présider au choix des cadres dirigeants et des administrateurs. La désignation de managers sur la base de leur aptitude au poste et la mise en place d'un mode de rémunération plus motivant à l'adresse des gestionnaires, ainsi que la dépénalisation de l'acte de gestion, sont de nature à favoriser l'émergence d'une nouvelle race de managers capables d'impulser une nouvelle dynamique au secteur public économique.
