عبارة عن كهوف عميقة، تكونت خلال العصر الجليدي، لما كان مستوى البحر ينخفض ما بين 100 و150 متر عن مستواه الحالي. وكانت هذه الكهوف تمتد بشكل رأسي داخل الأرض ومستواها فوق سطح المياه، فكانت كهوفا جافة، وعندما ذابت الثلوج وارتفع مستوى البحر غمر تلك الكهوف بالماء. ونظرا لعمقها فهي تظهر بلون أزرق غامق وعلى شكل دائري تقريبًا، ولهذا سميت بالثقوب الزرقاء. هناك ثقوب كثيرة، بعضها أكثر شهرة من غيره، واحد منها يقع غرب جزيرة سيناء في البحر الأحمر بمصر، من المناطق المشهورة للغوص، عمقه حوالي 130 متر، له فتحة باتجاه البحر بعمق 6 أمتار، يوجد به على عمق 52 مترا نفق يبلغ امتداده 26 مترا، خالٍ من المرجان والأسماك. يدعى مقبرة الغواصين، حيث وقعت حوادث متكررة بمحاولة غواصين الوصول إليه، نظرا لقلة الإضاءة وعدم وضوحه للأنظار، وبداخله تيار ماء يسير دائما باتجاه الثقب، مما يزيد صعوبة السباحة بداخله، ويطيل فترة الخروج منه، كما أنه يتجه إلى عمق البحر، مما يقطع الاتصال بين الغواص والخارج. أما أعمق ثقب أزرق في العالم يقع في مدينة بليز، الواقعة على بحر الكاريبي، بين جواتيمالا والمكسيك، الذي يبلغ عمقه تقديريا 365 قدم، فالغواصون لم يستطيعوا الوصول إلى قاعه إلى الآن، لكنهم نجحوا في قياس محيطه الذي بلغ ألف قدم، وقدروا عمقه ب 400 قدم.