رفض الأزهر تهديدات جماعة "دولة العراق الإسلامية" المحسوبة على تنظيم القاعدة للكنائس المصرية بالهجوم عليها أو المساس بأمنها، مشددا على أن المسلمين مأمورون شرعا بحماية دور العبادة المسيحية في البلدان الإسلامية. وقال الدكتور محمد عبد العزيز واصل وكيل الأزهر: "الكنيسة لها احترامها وكما تصان المساجد تصان الكنائس". واعتبر واصل أن تلك التهديدات منهي عنها شرعا؛ مستدلا بقول رسول الله صلى الله عليه وسلم: "من آذى ذميا فأنا خصيمه يوم القيامة". وأضاف أن "الأزهر لا يقبل بأي عدوان أو مساس بأي كنيسة داخل مصر لأنها دار عبادة لا يجوز المساسُ بها، والمسلمون مأمورون بصيانة دار العبادة للمسيحيين لا مهاجمتها، فالكنائس في حماية المسلمين، والمسيحيون لهم ما لنا وعليهم ما علينا فهم إخوة لنا". من جهة أخرى، قال الشيخ شوقي عبد اللطيف وكيل وزارة الأوقاف المصرية أن "تهديد دور العبادة والكنائس المسيحية لا ينبغي أن تصدر من مسلمين، حيث إن الإسلام أمرنا بعدم تهديد أهل الكتاب في حياتهم ودور عبادتهم، والرسول صلى الله عليه وسلم نهى عن المساس بدور عبادة أهل الكتاب حتى في حالة الحرب، وعليه نحن مأمورون بحماية هذه الدور وعدم المساس بأي أذى لها". وفي سياق متصل، وفي بيانين منفصلين، أدانت كل من جبهة علماء الأزهر وهيئة علماء المسلمين بالعراق مهاجمة الكنيسة، وبينما اعتبرت الجبهة أي اعتداء على الأقباط "اعتداءً يقع عليها وعلى دينها يستوجب الاستنفار له"، عدت الهيئة الحادث بمثابة "سابقة خطيرة تنذر بشر مستطير". وفي بيان حمل عنوان "لا تخفروا الله في ذمته"، أدانت جبهة علماء الأزهر (غير رسمية) أي اعتداء يقع على عرض أو دم أو مال لمعاهد أو ذمي في أي مكان كان، وتعتبر ذلك "اعتداء يقع عليها وعلى دينها يستوجب الاستنفار له خاصة إذا تذرع المجرمون فيه بالدين وتستروا به". كما ذكَّرت الجبهة في بيانه بمقولة شيخ الإسلام ابن تيمية "إن أهل ذمتنا قبل أهل ملتنا"، وذلك عندما أرسله السلطان قلاوون ليفاوض التتار في الأسرى فعرضوا عليه إطلاق الأسرى المسلمين فقط، فأبى شيخ الإسلام وقال عبارته السالفة. وفي العراق، استنكرت هيئة علماء المسلمين بشدة مهاجمة كنيسة "سيدة النجاة" من جانب تنظيم "دولة العراق الإسلامية"، ووصفتها ب"الكارثة الإنسانية"، وعدّت الهيئة في بيان لها "هذا الفعل المشين بمثابة سابقة خطيرة تنذر بشر مستطير".