أثارت بعض التصرفات في المساجد الجزائرية حفيظة الكثير من المصلين، خاصة خلال الصلوات التي تشهد إقبالا كبيرا من الجزائريين كالمغرب والتراويح، حيث أكد الكثير منهم أن عددا من المساجد تعيش خارج مجال تغطية وزارة الشؤون الدينية والجهات الوصية، ما يترك المجال مفتوحا لكل الغرباء عن المؤسسة الدينية للنشاط في دور العبادة، الشيء الذي قد يفرز تداعيات خطيرة. وألقى الرجل الثاني في الفيس المحل، علي بلحاج، درسا بمسجد "الفتح" بوادي أوشايح بالعاصمة تحدث فيه عن عمليات قوات الأمن. ويعيش عدد من مساجد منطقة باش جراح وضواحيها حالة من الفوضى بسبب غياب الرقابة تمثلت في عقد اجتماعات دينية غير مرخصة من الجهات المختصة أو ما يسمى بالحلقات الدينية التي لا يعلم أحد عما يدور فيها من حديث، خاصة وأن هذه الدروس الدينية تعقد في زوايا منعزلة لأشخاص متأثرين بتيارات دينية معينة وكذا الشباب والأطفال، وكذا القيام بدروس عقب صلاة التراويح تكاد تكون تحريضية لجموع المصلين مثلما حدث في مسجد "الفت" بوادي أشايح مؤخرا من قيام الرجل الثاني في الحزب المحل بعد صلاة التراويح مباشرة وإلقائه خطبة وصف فيها عمليات قوات الأمن التي شنتها ضد بعض العناصر في إطار مكافحة الإرهاب ب "الاختطاف". كما شهدت العديد من المساجد عدم التقيد بالتعليمات الإدارية من الوزارة بمنع المطويات والكتب غير المقيدة في سجلات وقيود خاصة عند الإمام أو المشرف على تسيير هذه المؤسسة الدينية من تداولها بين رواد المسجد، ما سمح بالانتشار الفوضوي في كثير من مساجد الوطن لكتيبات صغيرة يسهل حملها ووضعها في رفوف المصاحف دون تفطن أي أحد. أما عن تعليمة وزير الشؤون الدينية القاضية بإلزام الأئمة والمدرسين بالتمسك بالمذهب المالكي في الفتوى وإلقاء ثلاثة دروس أسبوعية فهي غائبة عن الواقع تماما، إما لعدم وجود أئمة ومشرفين أصلا، أو لعدم توافق مناهج الأئمة ومذاهبهم مع المذهب الرسمي المعمول به في الجزائر، بل تعدى الأمر إلى أكثر من ذلك بإفتاء الناس عدم إجزائهم إخراج زكاة الفطر من النقود وإخراجها من الأطعمة، حتى الصحافة الوطنية لم تنج من تهديد الجماعات المتطرفة في المساجد بوصفها بالمنافقة. وكان مصدر من وزارة الشؤون الدينية أكد أن عددا معتبرا من الأئمة يشجعون الناس على عدم التقيد بمذهب فقهي واحد وهو الشيء الذي قد يفتح أبواب أخطار الإرهاب الفكري بزرع الأفكار المتطرفة الدخيلة عن ديننا ومجتمعنا. للإشارة، كانت تعليمة من وزارة الشؤون الدينية صدرت مؤخرا تلزم أئمة المساجد خاصة بالعاصمة بإلقاء دروس من كتب معينة تم اختيارها وفق المذهب المالكي، مثل كتاب"متن الرسالة" و"تفسير الثعالبي" و"موطأ الإمام مالك".