طالبت الجماعة الإسلامية في مصر وزير الثقافة فاروق حسني بالرحيل عن المنصب، وخيرته بين الذهاب إلى اليونسكو أو الجلوس في البيت، " لأنه لا يليق بهذا المنصب في بلد الأزهر الشريف وفي مجتمع إسلامي محافظ أن يشجع ويدعم التمرد على الأخلاق والقيم والثوابت". نددت الجماعة الإسلامية في بيان أصدرته نهاية الأسبوع، بحصول سيد القمني على جائزة الدولة التقديرية، وتساءلت عن السبب وراء منح الدولة المصرية ممثلة في المجلس الأعلى للثقافة جائزة رفيعة معنويا وماديا لكاتب من أولئك "الذين اعتادوا غمس أقلامهم في مداد الاستهتار بالدين الإسلامي، والاستهانة بقيمنا وتزوير تاريخنا، والسخرية من تراثنا الإسلامي، والانتقاص من رموزنا الدينية". ورأت الجماعة في بيانها الذي نشرته على موقعها الإلكتروني أن " في منح جائزة الدولة التقديرية لشخصية كهذه، منتهى الإهانة والإساءة للدولة المصرية التي لم تراع وزارة الثقافة في عهد وزيرها الحالي لها حرمة ولم تحترم لها دينا.. وذلك منذ توليه منصبه قبل عقدين وإلى اليوم". وهاجم البيان بشدة سيد القمني، كونه " لم يقدم إسهاما جادا في مجال العلوم الاجتماعية" كما أنه يسخر من الدين الإسلامي بكتاباته، وقدم بيان الجماعة أمثلة على تعديه عن الدين من خلال كتبه المنشورة والتي تحمل عناوين مثل "رب هذا الزمان" و "الأسطورة والتراث" و"حروب دولة الرسول" و"موسى وآخر أيام تل العمارنة" و"النبي إبراهيم والتاريخ المجهول" و"الحزب الهاشمي وتأسيس الدولة الإسلامية"، وتساءل البيان عن الجديد أو القيم فيها فيما عدى الصوت العدائي للتاريخ الإسلامي والتشكيك في حوادثه. وفي السياق نفسه، صرح الشيخ يوسف البدري المعروف بتصيد أخطاء سيد القمني بأنه بصدد تجهيز عريضة كبيرة لرفع قضية أمام المحاكم المصرية لسحب الجائزة من د. سيد القمني، وأوضح البدري أن القمني لا يستحق الجائزة، لأنه هاجم الإسلام وَحرف التاريخ إلى حد الإلحاد، مُعتبرًا أن الرسول محمدا صلى الله عليه وسلم قلّد داود عليه السلام وأقام نفسه نبيًّا! وكانت قد أعلنت جوائز الدولة بفروعها آخر الشهر الماضي، وتضمنت القائمة حصول سيد القمني على جائزة الدولة التقديرية في العلوم الاجتماعية، وهي الجائزة التي أثارت كثيرا من الجدل نظرا لما يحفل به رصيد القمني من تعد على عقيدة الأغلبية -الإسلام- والتي رأى الدكتور أيمن الجندي في مقاله بجريدة المصري اليوم منحها له أمرا مثيرا للدهشة، لأنه يصرح بوضوح: "وإذا كنت تقصد الإسلام تحديدا، فإني أقول لك إنه بحالته الراهنة، وبما يحمله من قواعد فقهية بل واعتقادية، هو عامل تخلف عظيم، بل إنه القاطرة التي تحملنا إلى الخروج ليس من التاريخ فقط، بل ربما من الوجود ذاته" معتبرا منحه الجائزة تزويرا لإرادة الشعب المصري الذي تحمل الجائزة الممنوحة اسمه، إذ يعارض الشعب ذو الأغلبية المسلمة حصول من يتحرى الهجوم على عقيدته على جائزة تقديرية.