يعد قطاع الشؤون الدينية والأوقاف من أهم القطاعات وأبرزها، كونه يتفاعل مع شرائح المجتمع على اختلاف أطيافها ومستوياتها ، فبولاية أدرار لا تكاد تقف في حي من الأحياء أو قصر من القصور إلا وشد انتباهك صرح من صروح الإسلام ومنارة من منارات مساجدنا، ناهيك عن المدارس القرآنية التي وضعت بجوار كل مسجد ،ولقد أشرفت الدولة على هذه المدارس و وظفت الأعوان والمعلمين والأئمة الذين أسندت لهم مهمة التدريس والتعليم القرآني ، حيث قفز عدد المدارس من 200 مدرسة عام 1974 إلى أزيد من 700 مدرسة منتشرة عبر كامل قصور وقرى الولاية، وقد تم تسجيل بها أزيد من 100 ألف طالب ، معظمهم تفوقوا في المسابقات المحلية ، الوطنية والدولية رغم الظروف غير الملائمة والهياكل غير المؤهلة لأغلب هذه المدارس . من جهتها تستقطب المدارس الداخلية طلبة من داخل الولاية وخارجها ، و توفر لهم الإيواء ، الإطعام ، التعليم والتربية ، مع العلم أن هذه الأخيرة أدت رسالتها في الماضي حسب الظروف المتوفرة ، فربت أجيالا وكونت آلاف الأئمة والمعلمين وعددا من الفقهاء والمرشدين من مختلف ولايات الوطن، كما أنها أسهمت في الحفاظ على المرجعية الدينية للوطن واستقراره، وقد ارتفع عددها من 10 مدارس عام 1974 إلى 28 مدرسة يتمدرس بها بصفة دائمة أزيد من 3200 طالب ، ويصل عدد الطلبة بها خلال فصل الصيف حتى 7000 طالب ، وذلك تحت إشراف علماء وشيوخ تحفيظ القرآن الكريم ، وتمكينهم من الفقه المالكي من خلال المتون الفقهية وشروحها ، وقواعد اللغة العربية ، وغيرها من العلوم الشرعية واللغوية ، ما يجعلها تمثل المرجعية الأساسية في المنطقة ، ومن أبرزها نذكر مدرسة الشيخ سيدي محمد بلكبير رحمه الله ، التي لا تزال قبلة لطلبة العلم لما يزيد عن 6 عقود ، حيث تخرج منها فقهاء وعلماء أبرزهم فضيلة الشيخ الحاج سالم بن ابراهيم شيخ المدرسة الداخلية وإمام مسجد الجيلاني بأدرار، الشيخ المرحوم الحاج عبدالقادر بكراوي شيخ مدرسة قصر نومناس ، الحاج حسن شيخ مدرسة قصر انزقمير ، الشيخ الحاج محمد الدباغي بتينركوك ، وابنه الحاج عبدالكريم الدباغي شيخ مدرسة برقان ، إضافة إلى الشيخ الحاج أحمد خليلي شيخ مدرسة الإمام العبقري بتيميمون ، وهي المدرسة التي أسسها الشيخ الحاج سيدي محمد بلكبير أثناء إقامته بتيميمون في أربعينيات القرن الماضي، وغيرهم من شيوخ المدارس التي تسعى إلى تحقيق الأهداف النبيلة التي رسمها الشيخ معلما لمسيرته طيلة حياته . وتثمينا للجهود المبذولة من قبل هؤلاء الأعلام ، اعترفت بعض الجامعات الجزائرية بعلومهم وفقههم، و أشادت بإنجازاتهم ، منها جامعة وهران التي منحت المرحوم الشيخ بلكبير شهادة الدكتوراه الفخرية عام 1997 ، في حين قدمت جامعة أدرار شهادة الدكتوراه الفخرية للشيخ الحاج حسان عام 2013 ، وغيرهما من الشيوخ الذين أكدوا حضورهم في الملتقيات الوطنية والدولية و ساهموا في التنوير و التبصير مثل الشيخ الحاج الحسان ، الشيخ الحاج عبد الكريم الدباغي ، الشيخ سيدي محمد الرقاني رحمه الله ، والشيخ الحاج أحمد خليلي، و عرفانا لما قدمه هؤلاء حرصت الدولة الجزائرية على دعم هذه المدارس من خلال إعانات مالية للبناء والتجهيز ، و تعزيزها بأقسام قرآنية ، وبرامج للتأهيل ، كما فتحت معاهد إسلامية لاحتواء المتخرجين وتكوينهم وتوظيفهم في مختلف مساجد ولايات الوطن.، كما أشرفت على ترميم المساجد وتهيئتها .