وجه مسؤولون في جزر القمر اتهامات للسفن الفرنسية المنتشرة في المياه الإقليمية لبلادهم بإسقاط الطائرة اليمنية عن طريق الخطأ نظرا لمرور الطائرة في وقت كانت فيه السفن الفرنسية تجري مناورات غير معلنة، مؤكدين أن الفرنسيين يعرفون تحديدا مكان الطائرة لكنهم يسحبون الغواصين إلى مناطق أخرى، وكانت السلطات اليمنية قد أبدت استغرابها من مسارعة باريس إلى توجيه اتهامات متعجلة بأن سبب سقوط الطائرة يرجع إلى اختلالات فنية في الطائرة. أعلنت الهيئة العامة للطيران المدني والأرصاد في اليمن أن الخطوط الجوية اليمنية علقت رحلاتها الإضافية بين صنعاء وباريس وبين صنعاء وموروني وأبقت على رحلاتها العادية المنتظمة. وقال رئيس الهيئة العامة للطيران المدني والأرصاد حامد فرج ''إن شركة الخطوط الجوية اليمنية علقت رحلاتها إلى مرسيليا بناء على طلب من سلطات المطار في مرسيليا لعدم ضمان السلطات لسلامة رحلات الخطوط الجوية اليمنية وعدم قدرتها على ضمان أمن هذه الرحلات من المتظاهرين من عائلات ضحايا الطائرة اليمنية المنكوبة الثلاثاء الماضي الذين يمنعون الراغبين في السفر على خطوط الشركة الجوية اليمنية من السفر عليها". وتناقلت وسائل الإعلام تصريحات منسوبة لمسؤولين في جزر القمر، تتضمن توجيه الاتهامات للسفن الفرنسية المنتشرة في المياه الإقليمية لجزر القمر بإسقاط الطائرة اليمنية عن طريق الخطأ نظرا لمرور الطائرة في وقت كانت فيه السفن الفرنسية تجري مناورات غير معلنة. ونقل عن مسؤول قمري قوله إن السفير الفرنسي في موروني أكد لبعض كبار مسؤولي الحكومة القمرية أن قطعا حربية تنتمي إلى الأسطول الفرنسي كانت موجودة في مكان الحادث قبل يوم واحد فقط من تحطم الطائرة، وقال ''لا نستبعد أن تكون الطائرة اليمنية قد تعرضت لصاروخ من إحدى القطع البحرية الفرنسية مما أدى إلى إسقاطها فورا". وأضاف ''لا نستبعد حدوث هذا.. ليس عملا إجراميا، لكن يبدو أن الطائرة وجدت في الوقت الذي لا يجوز فيه أن توجد''، متهما البحرية الفرنسية الموجودة في موقع الحادث بتعمد إبعاد فرق الإنقاذ والإغاثة غير الفرنسية عن مكان الحادث. ولفت إلى أن اجتماعا عقده فريق الإنقاذ الحكومي القمري بمقر وزارة الخارجية، خلص إلى أن فرنسا لا تتعاون بما يكفي لإنقاذ الضحايا أو انتشال الجثث والعثور على حطام الطائرة. واعتبر أنه ليس هناك أي تقدم في العثور على مزيد من الناجين أو اكتشاف وانتشال جثث الضحايا ومتعلقاتهم، مؤكدا أن الفرنسيين يعرفون تحديدا مكان الطائرة لكنهم يسحبون الغواصين إلى مناطق أخرى، وأضاف ''تم تشكيل فريق من الغواصين من أربع دول هي فرنسا واليمن والولايات المتحدة وجزر القمر، وبالفعل الغواصة الفرنسية حددت موقع الطائرة إلا أنها تمنع الوصول إليها بطرق ملتوية". وكانت السلطات اليمنية قد أبدت استغرابها من مسارعة مسؤولين فرنسيين إلى توجيه اتهامات متعجلة بأن سبب سقوط الطائرة يرجع إلى اختلالات فنية في الطائرة مذكرين بملاحظات كانت أبدتها الجهات المعنية في فرنسا على الطائرة في العام 2007 وهو ما أثار ردود فعل قوية من الجانب اليمني خاصة شركة الخطوط الجوية اليمنية التي أكدت أن طائرتها كان على جاهزية تامة للسفر وأن الملاحظات الفرنسية على الطائرة اقتصرت على تجهيزات ترفيهية في مقصورة الركاب وتم معالجتها في حينه، ويؤكد مدير الصيانة بشركة الخطوط الجوية اليمنية حسن الحوثي أن كابتن الطائرة ووفقا لتأكيدات برج مطار موروني لم يصدر منه أي نداء استغاثة تفيد بوجود أي عطل فني في الطائرة، وانه تلقى تعليمات من برج المطار لتغيير اتجاه الطائرة نتيجة الرياح الشديدة التي واجهت الطائرة أثناء الهبوط.