وصف أيمن الظواهري زعيم تنظيم القاعدة ملاحقة الحكومة المصرية المدعومة من الجيش لجماعة الإخوان المسلمين في مصر بأنها "جرائم وحشية" وحث المصريين على مقاومة ما قال إنه حملة ضد الاسلام في بلادهم. وقتلت قوات الأمن المصرية المئات من مؤيدي الاخوان واعتقلت الالاف بينهم معظم قيادات الجماعة منذ أن عزل الجيش الرئيس الاسلامي محمد مرسي في الثالث من يوليو تموز عقب احتجاجات حاشدة على حكمه. وقتل الكثيرون في فض اعتصامين لأنصار الاخوان في القاهرة والجيزة يوم 14 أغسطس اب. وفي كلمة صوتية بثت بعد يوم من الذكرى الثانية عشرة لهجمات الحادي عشر من سبتمبر أيلول بالولايات المتحدة أدان الظواهري فض الاعتصامين واعتقال الاسلاميين. وقال الظواهري وهو مصري اعتقلته السلطات المصرية أثناء فترة حكم الرئيس الأسبق حسني مبارك "إن مجزرة رابعة العدوية والنهضة والحرس الجمهوري واعتقال الالاف وقصف المجاهدين بطائرات بدون طيار فى سيناء حلقة من مسلسل طويل من الذل ينتظر المصريين إذا لم يتحدوا حول كلمة التوحيد ليحكموا الشريعة وليعدوا إلى تحرير بلدهم وفلسطين وليطهروا أرضهم من الفساد."