Les enjeux cruciaux sont la conservation de la biodiversité, l'atténuation du changement climatique et le développement des bioénergies... Au cours des 50 dernières années, l'homme a modifié l'environnement plus rapidement qu'à n'importe quelle autre période comparable de l'histoire de l'humanité, essentiellement pour satisfaire la demande en nourriture, eau fraîche, bois d'œuvre, fibres et combustible… Aujourd'hui, environ 60 % des services écosystémiques évalués dans un Rapport de la Fao " L'évaluation des écosystèmes pour le Millénaire " sont dégradés ou exploités de manière non viable, et la dégradation pourrait empirer considérablement pendant la première moitié de ce siècle. Il est clair, dit le rapport de l'organisation onusienne pour l'alimentation et l'agriculture "qu'il n'y a plus d'autre choix que de produire davantage avec moins de pollution. La viabilité environnementale dans l'agriculture n'est plus un choix, mais un impératif". Selon le rapport, l'agriculture a un rôle central à jouer dans la gestion de l'environnement : "C'est dans l'agriculture que résident une grande partie des problèmes et des solutions. Les politiques agricoles doivent tenir compte de nouveaux paramètres, notamment la réaffectation massive des terres agricoles, le remplacement des cultures alimentaires actuelles par des cultures énergétiques, et la contribution potentielle de l'agriculture au développement économique mondial". La Fao identifie trois facteurs cruciaux dans le secteur agricole, à savoir la conservation de la diversité biologique, l'atténuation des changements climatiques, et les bioénergies et leur rôle essentiel dans les économies agricoles. Il préconise une connaissance plus fine de la manière dont les systèmes de production alimentaire existants peuvent s'adapter à la demande nouvelle de biocarburants, en faisant front à l'évolution du climat et à la réduction de la biodiversité, et en contribuant à l'atténuation de la faim et à l'utilisation durable des ressources naturelles. Ainsi, l'agrobiodiversité utilisée dans la production vivrière est au cœur de notre système de subsistance. L'intensification de l'agriculture et la destruction croissante de la diversité biologique et des habitats ont poussé des espèces sauvages à l'extinction, accéléré la disparition de services environnementaux productifs et réduit les ressources génétiques agricoles essentielles pour la sécurité alimentaire future. Vu l'accroissement escompté de la population mondiale de 50 % d'ici 2050, la biodiversité doit être gérée afin de promouvoir une intensification durable de la productivité agricole, tout en conservant un volume adéquat de biodiversité naturelle et cultivée. Aussi, si les émissions de gaz à effet de serre ne diminuent pas, la température de la planète augmentera vraisemblablement de 2 à 3°C au cours des 50 prochaines années, portant à des changements de climat qui auront des répercussions sur la production vivrière, la santé et l'environnement. Les pratiques agricoles - telles que le déboisement, les parcs d'engraissement du bétail et les engrais - représentent actuellement 25 % environ des émissions de gaz à effet de serre. Parallèlement, la fréquence croissante des tempêtes, des sécheresses et des inondations causées par le changement climatique menace la viabilité des agroécosystèmes. Selon la FAO, l'agriculture "peut constituer une partie de la solution en contribuant à l'atténuation des changements climatiques, par la conservation, la fixation et la substitution du carbone, et en créant des systèmes agricoles en mesure d'amortir les épisodes climatiques extrêmes".
