أدان مجمع البحوث الإسلامية بالأزهر بالإجماع زيارة مفتي الجمهورية الدكتور علي جمعة للقدس والمسجد الأقصى، وذلك خلال جلسة طارئة عقدت الخميس برئاسة الدكتور أحمد الطيب· وأصدر المجمع بيانا رسميا جاء فيه (إن المجمع حريص وملتزم بقرار الأزهر السابق بعدم زيارة القدس والمسجد الأقصى وكافة الأماكن المقدسة إلا بعد زوال الاحتلال الإسرائيلي عن الأراضي الفلسطينية)· وأكد البيان أن جمعة أكد خلال الاجتماع الذي حضره شيخ الزهر وكافة أعضاء المجمع، أن زيارته (شخصية وليست رسمية، وكانت في إطار علمي وديني؟!)، وأنه لم يكن يستطيع رفض الدعوة خاصة في وسط الضمانات والرعاية الأردنية ودون حصوله على تأشيرة صهيونية، وأن الطرف الأردني هو الذي نظم الزيارة، ونفى أن يكون رأى في الطريق إلى المسجد الأقصى أي صهيوني، أو وجود أي حراسة صهيونية له خلال تواجده في الأراضي الفلسطينية· وأوضح البيان أن جمعة جدد موقفه الرافض للتطبيع تماما بكل أشكاله، لكنه زعمَ أن دعوته إلى زيارة القدس (مِنة من الله؟!)، ولذلك لم يقاومها، وأنه كان (سعيداً) بالصلاة في المسجد الأقصى، وأن الزيارة لا تمثل الأزهر ولا دار الإفتاء، وفقا للعربية· نت· وقال إنه (يحمل رسالة لكل المصريين من المقدسيين الذين رحبوا بزيارته، والذين دعوا كل المسلمين إلى زيارة القدس وعدم نسيان القضية الفلسطينية أو التراخي فيها في ظل محاولات التهويد المستمرة من الجانب الإسرائيلي)، وأنهم يؤكدون على وجوب زيارة القدس على كل مسلم، وعليه أن لا يهجر تلك المدينة المقدسة، وأن يقدِّم لها كل الدعم· وكانت زيارة المفتي علي جمعة إلى مدينة القدس الشريف، والمسجد الأقصى، قد أثارت غضب الآلاف من العلماء والمفكرين في الدول العربية ومصر خاصة، حيث اعتبروا أن هذه الزيارة تمثل (جريمة سياسية وتطبيعا صريحا مع الاحتلال الصهيوني واعترافا بسيادته على القدس والأقصى، ودعاية مجانية للاحتلال بأنه غير عنصري ويسمح للمسلمين بزيارة مقدساتهم، في حين يمنع بعض خطباء المسجد الأقصى ومعظم الفلسطينيين في الضفة الغربية وأراضي 48، من زيارته)· وكانت صحيفة (يديعوت أحرونوت) قد أكدت أن الزيارة جاءت بالتنسيق مع وزارة الدفاع الصهيونية وليس مع وزارة الخارجية، وأنها تمت تحت حراسة الجنود الصهاينة·