دعت منظمة التحرير الفلسطينية كل العدائين والداعمين لماراطون القدس 2013 إلى مقاطعته، معتبرة أن الإشتراك فيه يحمل انطباعا بقبول احتلال الكيان الصهيوني، وضمه غير القانوني للجزء الشرقي من المدينة. ودعت المنظمة في بيان لها، الأربعاء "كافة المشاركين والداعمين لماراطون القدس الدولي إلى سحب دعمهم ومشاركتهم أو سيصبحون مشاركين في التستر على خروقات الكيان الصهيوني الجسيمة لحقوق الإنسان باحتلالها دولة فلسطين". وتابع البيان أن "رعاية الماراطون أو المشاركة فيه يعني الإعتراف والمشاركة الفعالة في ضم الكيان الصهيوني غير القانوني وسياساتها العنصرية في القدسالشرقية". وسيشارك آلاف العدائين في الماراطون الذي سينظم، الجمعة، ويبدأ من مبنى البرلمان الصهيوني ويمر بالقدسالشرقيةالمحتلة بما في ذلك جولة قصيرة داخل البلدة القديمة. وقالت اللجنة الأولمبية الفلسطينية والمجلس الأعلى للشباب والرياضة والإتحاد الفلسطيني لألعاب القوى إن مسار الماراطون يظهر "السياسات العنصرية" للحكومة الصهيونية التي "تنقل العدائين من الغرب إلى الشرق كأن المدينة موحدة بالفعل".