وعلى الرغم من الجمال الإبداعي والتنوع الإيكولوجي الذي تزخر به البحيرة، إلا أن ظاهرة انتشار البنايات الفوضوية على جوانبها أصبحت تهدد كيانها، لاسيما مع التدفق العشوائي لمياه قنوات الصرف الصحي وللنفايات المنزلية، حيث ساهمت هذه الأخيرة بشكل كبير في تشويه المناظر الخلابة والجذابة للبحيرة، حيث تحولت من موقع سياحي إيكولوجي هام إلى تجمع سكني فوضوي غير قانوني ساهم في تلوث ما يقارب 000 80 متر مكعب من مياه البحيرة يوميا، ما أدى إلى القضاء على معظم الكائنات البرية والبحرية خاصة الأسماك، ونفر الطيور المهاجرة من التعمير طويلا بالبحيرة، أمام انعدام الرقابة والقوانين الردعية التي من شأنها حماية المنطقة الرطبة والكائنات التي تعيش في كنفها. بعدما صنفت عالميا.. المحمية تنتظر تصنيفها وطنيا مازال مسؤولو مركز تربية المصيدات المتواجد ببحيرة رغاية، ينتظرون صدور قرار رسمي يقضي بتصنيف المنطقة الرطبة للبحيرة كمحمية طبيعية وطنية ووضع نظام خاص لتسيير المركز، حسب تصريحات بشيري جمال مدير بالنيابة بالمركز المذكور سالفا أثناء لقائنا به، هذا الأخير الذي كشف عن تقديم هيئته لملف شامل للمديرية العامة للغابات لاستفادتهم من إعادة التصنيف، شأنها في ذلك شأن مديرية الغابات التي أودعت بدورها الملف بوزارة البيئة وتهيئة الإقليم والسياحة منذ عام ,2005 إلا أنه ومنذ ذلك لم يتم تصنيفها بعد رغم تصنفيها كمحمية طبيعية ضمن قائمة ''رمصار'' العالمية، كما أبرز أهمية هذا الإجراء الذي سيضمن وضع آليات لتسيير أحسن للمنطقة من خلال تسطير مخطط لاستغلال المركز ووضع سياسة خاصة به من أجل حماية بحيرة الرغاية من التجاوزات والانتهاكات التي تعيشها في إشارة واضحة لظاهرة انتشار البيوت القصديرية.. وبالرغم من الزخم الهائل والتنوع الكبير في الأنظمة البيئية تبقى بحيرة الرغاية تنتظر تصنيفها كمحمية طبيعية وطنية، على الرغم من تصنيفها ضمن القائمة العالمية ''رمصار''، كما لا تزال البحيرة تنتظر أن تتوجه إليها أنظار مسؤولي قطاع السياحة لحمايتها وصيانتها وإخراجها من الإهمال واللااهتمام الذي ترقد فيه.