اتفق شريكا الحكم الرئيسيان في السودان الحركة الشعبية لتحرير السودان والمؤتمر الوطني على حسم الخلاف بينهما حول قانون الاستفتاء على تقرير المصير في جنوب السودان الذي شهد حربا ضروساً دامت عشرين عاما وراح ضحيتها أكثر من مليوني سوداني. ويعتبر اتفاق الحزبين على هذا القانون في حد ذاته إنجازا مميزا وتقدما ملموسا في علاقة الشريكين ببعضهما البعض. لاسيما وأنهما على لسان كبار القيادات قد أكدا الالتزام الكامل بتنفيذ قانون الاستفتاء كما هو بمجرد إجازته من الهيئة التشريعية القومية بالسودان، فضلا عن كون الأمر أفضى للكثير من التكهنات والإشارات بتقديم الحزبين للعديد من التنازلات في سبيل التوصل لهذا الاتفاق، حيث كان يصر المؤتمر الوطني على ضرورة أن يتم الانفصال 70 في حين كانت الحركة تصر على نسبة تصويت (50) فقط من الجنوبيين على أن لا يشارك جنوب الشمال والخارج في الاستفتاء. وتصر الحركة الشعبية في هذا السياق على أن تأتي الانتخابات حرة ونزيهة وأن تجري في جو ديمقراطي يعزز قدرة الوطن على مواجهة التحديات التي تنتظره عقب مرحلة الاستفتاء، فضلا عن اشتراطها أهمية إنفاذ اتفاقية السلام الشامل وإجازة القوانين المقيدة للحريات والمفضية إلى التحول الديمقراطي. في المقابل، أكد المؤتمر الوطني على ثقته في تصويت الجنوبيين لصالح الوحدة ومؤمناً على أن السبيل لذلك يمر عبر إنفاذ مشروعات البنى التحتية بكافة الولاياتالجنوبية من طرق ومشروعات تنموية اقتصادية وزراعية وغيرها في كافة المجالات ودونها قطعا لن يكون الطريق ممهداً لهذه الوحدة.