أعرب شنودة الثالث، بابا الإسكندرية، وبطريرك الكرازة المرقسية، عن أسفه للتّصريحات الّتي أطلقها الرجل الثاني في الكنيسة الأنباء بيشوي، سكرتير المجمع المقدس، والّتي طعن فيها في القرآن الكريم وأساء فيها للمسلمين. وأكّد شنودة، في حوار مع التليفزيون المصري، أنّه يتّفق تمامًا مع بيان الأزهر الّذي أشار إلى أنّ ''العقائد الدينية للمصريين جميعًا خط أحمر لا يجوز المساس به من قريب أو بعيد''. وأشار بابا الإسكندرية إلى أنّ الحوار الديني بين المسلمين والمسيحيين يجب أن يكون من أجل صالح مصر. وقال في الحوار: إنّ ''الحوار الديني ينبغي أن يكون في النقاط المشتركة.. في المساحة المشتركة بيننا وبين إخوتنا، ويكون الحوار مجرّد تعاون من أجل خير البلد، من أجل نشر الفضيلة، من أجل قضايا وطنية، ولكن لا يدخل في الخلافات الدينية''. وتابع قائلاً: ''كلّ شخص له إيمانه الّذي يعتز به ولا يصح إطلاقًا أن نجرح إنسانًا في أموره الإيمانية.. هذه لا يمكن أن نتعرّض لها إطلاقًا.. أنا آسف جدًا أن يحصل جرح لشعور إخواننا المسلمين، ومستعدون لترضيتهم بأيّ طريقة.. وكوننا نشعر بأنّهم ''زعلانين'' هذا أمر يؤسفني''. وكان الأنبا بيشوي سكرتير المجمع المقدس قد أدلَى بافتراءات تستهدف النيل من المعتقد الإسلامي، زعم فيها وجود آيات محرّفة بالقرآن الكريم. وتساءل بيشوي في نص محاضرة له وزّعَت ضمن الكتيب الرسمي لمؤتمر تثبيت العقيدة عمّا إذا كانت بعض آيات القرآن الكريم قد قيلت وقتما ''قال نبي الإسلام القرآن'' أم أضيفت فيما بعد في عهد عثمان''، وفق كذبه. ودعا بيشوي إلى مراجعة القرآن الكريم، وقال بزعمه: ''الحوار والشرح والتّفاهم يجعل الشخص المقابل لك يبحث داخل ذهنه ويفتش حتّى يلغي آية تتّهمنا بالكفر''. وقد سارعت قيادات إسلامية إلى التّصدي للآراء الّتي طرحها الأنبا بيشوي، خلال محاضرة له في مؤتمر تثبيت العقيدة المنعقد بالفيوم، واتّهموه بإطلاق تصريحات غير مسؤولة تهدد بإشعال الفتنة الطائفية.