دعا زعيم تنظيم القاعدة أيمن الظواهري السوريين الذين يقاتلون نظام الرئيس بشار الاسد الى اقامة دولة اسلامية في سبيل عودة الخلافة، وذلك في شريط نشر على الانترنت. وقال الظواهري في رسالة مسجلة بعنوان "توحيد الكلمة حول كلمة التوحيد"، "يا اهلنا في الشام عليكم بالوحدة حول كلمة التوحيد، فليكن قتالكم في سبيل الله وفي سبيل تحكيم شريعة الله". واضاف في رسالته الاولى منذ نوفمبر 2012 "ابذلوا كل ما في وسعكم لتكون ثمرة جهادكم باذن الله دولة اسلامية مجاهدة ... دولة تكون لبنة في عودة الخلافة الراشدة". وحذر الظواهري المقاتلين المعارضين من "مؤامرات" اميركية عليهم، مؤكدا ان "العدو بدأ بالترنح والانهيار". وقال في هذا السياق "احذروا من مؤامرات امريكا والدول العربية والاخضر الابراهيمي (المبعوث الاممي العربي لسورية) ونبيل العربي (الامين العام للجامعة العربية) واشباههم، فانهم يريدون سرقة تضحياتكم وجهادكم ليقدموها لمن يرضى عنهم من اكابر المجرمين في واشنطن وموسكو وتل ابيب". واعتبر الظواهري ان القتال في سورية "كشف" ايران وحزب الله وألحق "سقطة ثالثة" بطهران بعد العراق وافغانستان. وقال "لقد كشف الله بجهادكم كثيراً من الحقائق الملتبسة وسقط بفضل ثباتكم كثير من الاقنعة عن الوجوه الشائنة ... لقد انكشف الوجه الحقيقي لايران وحزب الله وظهرت حقيقتهم البشعة في ميدان الجهاد في الشام". واضاف، انها "السقطة الثالثة التي تسقطها ايران في عقد من الزمن، السقطة الاولى بتواطئها مع الامريكان لغزو افغانستان ثم لغزو العراق". وبالرغم من كونهم اقلية صغيرة ضمن المسلحين المعارضين، الا ان دور المتطرفين مثل "جبهة النصرة" تعاظم في النزاع مع نظام الرئيس بشار الاسد، ما اطلق مخاوف لدى الغرب اخر تسليح المعارضة.