أثار كتاب المعلم يعقوب للدكتور أحمد حسين الصاوي، الصادر عن هيئة قصور الثقافة، ضمن سلسلة "ذاكرة الوطن" التي يرأس تحريرها الشاعر أسامة عفيفي استياء الكنيسة القبطية الأرثوذكسية والعديد من المفكرين الأقباط، وذلك لاتهامه شخصية المعلم يعقوب ومن معه من الأقباط بتكوين جيش قبطى أثناء فترة الحملة الفرنسية على مصر، لمساعدة المحتل الفرنسي ضد المصريين، حيث ذكر المؤلف أن "الأقباط من أصحاب المصالح تعاطفوا مع الغزاة الجدد باعتبارهم مخلصين وكذلك مسيحيين سوف يحررونهم من الخضوع لسلطان المسلمين". وأضاف في موضع آخر الفرنسيون بخطتهم الاستعمارية ويعقوب بأحلامه وتطلعاته التقيا على إرادة واحدة تجسدت في إنجاز واحد هو تكوين الفيلق القبطي وقد هدد المحامي المقرب من البابا شنودة الثالث بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية ممدوح رمزي باتخاذ "إجراءات قانونية للمطالبة بمصادرة الكتاب وسحبه من الأسواق". واعتبر إعادة نشر الكتاب " هدفه الترويج لفكرة أن الأقباط خونة وليسوا جزءا من النسيج المصري" وطالب نجيب جبرائيل، أحد مستشاري البابا القانونيين، بمصادرة الكتاب لما يمثله من تحريض وتعصب ضد الأقباط، خاصة أنه صادر عن هيئة حكومية تنتج إصداراتها من ضرائب الأقباط والمسلمين وردا على كل هذا صرح أسامة عفيفي رئيس تحرير سلسلة ذاكرة الوطن أن كتاب " المعلم يعقوب بين الأسطورة والحقيقة " ليس مجرد عريضة اتهام بالخيانة كما صورة البعض، بل هوة بحث تاريخي اعتمد علي الوثائق العربية والإنجليزية والفرنسية التي تثبت تعامل الجنرال يعقوب مع الفرنسيين، ولقد تعامل الأستاذ الدكتور أحمد حسين الصاوي مع شخصية يعقوب كمواطن مصري وليس كقبطي، ويؤكد الكتاب دور يعقوب في قمع ثورة القاهرة الثانية لدرجة أن كليبر رقاه إلى رتبة الجنرال تقديرا لدورة في قمع الثورة ويشير عفيفي أن الكتاب يكشف أن يعقوب لم يكن معاديا للمماليك قبل قدوم نابليون كما يدعي البعض بل لقد كان أحد رجال مراد بك وعمل في أسيوط في جمع الضرائب من الفلاحين المصريين، وكان قاسيا مع الأقباط والمسلمين علي حد سواء، لدرجة أن الكنيسة تلقت العديد من الشكاوي من الأقباط ضد قسوته، بالإضافة إلى موقف الكنيسة منة لأنه اتخذ امرأة غير زوجته مما أدى إلى حرمانه من التناول فضلا عن عدم احترامه للكنيسة والبابا آنذاك، ودخوله حرم الكنيسة راكبا جواده، مما أغضب البابا عليه ويؤكد الكتاب والكلام لأسامة عفيفي أيضا أن الأقباط لم يتعاملوا مع رجال الحملة بدليل أن ما سمي بالفيلق القبطي كان يضم خونة مصريين من فلول المماليك المسلمين وقطاع الطرق والمنسر والوافدين من نصارى الأرمن والشواموالكتاب يؤكد وطنية الكنيسة المصرية ويتعامل مع شخصية يعقوب كمواطن مصري عميل للمحتل كما أنه أدان أيضا شخصية مراد بك المسلم لتعاونه مع الاحتلال ودورة في قمع ثورة القاهرة الثانية، أي أن المؤلف ليس لديه أي نظرة طائفية، ودليلي أنه يقول في المقدمة " وسوف أحاول في هذه الدراسة مناقشة كل ما كتب عن الجنرال يعقوب وما أمكن الحصول عليه من وثائق تتصل بحياته وباستقراء الظروف والملابسات التي نشأ وعاش في ظلها والأحداث التي تفاعل معها، إن استخلص ملامح صورته الحقيقية دون ما مبالغة أو تضخيم ودون ما رتوش أو ظلال وهو قبل كل شيء مواطن مصري برز على مسرح الأحداث خلال فترة بالغة الأهمية في تاريخ مصر الحديث، ولا يكاد الجيل الحالي من المواطنين يعلم عنة شيئا والقلة القليلة التي تعلم تختلف وتتخبط في الحكم علية تبعا لما تأثرت به من كتابات تتراوح بين ذروة الإشادة وحضيض التجريم إن الكتاب أعدنا طبعة لأنه بحث علمي في وقت صدرت فيه كتب أغلبها يحمل وجهات نظر طائفية تمجد الرجل وتنسب له بطولة غير حقيقية وأؤكد أنه كتاب علمي يعتمد على الوثائق العربية والأجنبية ليحسم بشكل لا يقبل الجدل حقيقة "المعلم يعقوب" الذي يريد البعض الآن أن ينصبه "ثائرا وتنويريا" فى محاولة لطمس الذاكرة الوطنية، وإشاعة مفاهيم غير وطنية منها أن التعاون مع العدو ممكنا بل أن "الخيانة" نفسها يمكن أن تكون وجهة نظر.
