تسبب القرار الجمهوري بتعيين البابا تواضروس الثاني بابا للإسكندرية وبطريركا للكرازة المرقسية، في جدل بين عدد من النشطاء المسيحيين الذي طالبوا بتعديل صيغة القرار من "تعيين" إلى "التصديق على اختيار". وكان الرئيس محمد مرسي قد أصدر قرارًا جمهوريًّا، الليلة الماضية، رقم 355 لسنة 2012، بتعيين البابا تواضروس الثاني بابا للإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية. و قال المحامي المسيحي نجيب جبرائيل رئيس الاتحاد المصري لحقوق الإنسان لوكالة أنباء الشرق الأوسط اليوم السبت: "الرئيس مرسي وقع في نفس الخطأ القانوني الذي وقع فيه الرئيس الراحل أنور السادات، عندما قرر في شهر سبتمبر (أيلول) 1981 عزل البابا الراحل شنودة الثالث استنادًا إلى أنه أصدر قرارًا بتعيينه عام 1971". و أضاف جبرائيل: "من يملك التعيين يملك العزل أو الإقالة، وبما أن رئيس الجمهورية، أيًّا كان شخصه، لا يملك العزل، فهو لا يملك التعيين".. موضحًا أن "البابا لا يعيَّن لأنه اختيار من الله". و قال جبرائيل: إنه سيعد مذكرة قانونية سيسلمها لرئاسة الجمهورية، لتدارك ما أسماه: "هذا الخطأ".. وتابع: "نتشاور حاليًّا مع الكنيسة في هذا الأمر". من جانبه، قال نادر شكري المتحدث باسم اتحاد شباب ماسبيرو لوكالة أنباء الشرق الأوسط اليوم: "طبقًا للائحة 57 يجب أن يكون القرار الجمهوري بالتصديق وليس التعيين، لأن رئيس الجمهورية لا يختار البابا، ولا يدخل منصب البابا في إطار الانتخابات العامة". و أضاف شكري: "بابا الكنيسة يأتي باختيار إلهي، ولكن قرار تعيين الرئيس يعني أن يكون له سلطة في الإقالة أو الإيقاف أو العزل، وهذا أمر لا يعنيه". و أوضح قائلاً: "اختيار البابا يدخل في إطار طقس كنسي يتفق مع موروث الكنيسة، ولذا فالأمر مجرد تصديق على الاختيار ليكون البابا له دور في اعتماد توقيعاته في كافة الأوراق التي تدخل في نطاق التعامل مع الدولة، ولكن في كل الأحوال البابا هو اختيار كنسي وأصبح بطريركًا للكنيسة بالفعل منذ اختياره في القرعة الهيكلية".