أثار أحد أساتذة العلوم الإسلامية موجة من الغضب الشديد بين أوساط المسلمين الألمان بسبب تصريحاته وكتاباته عن الإسلام، التي تمثلت ذروتها في تشكيكه في وجود الرسول محمد صلى الله عليه وسلم وفي ثبوت القرآن. فقد أطلق أحد أساتذة الدراسات الإسلامية في ألمانيا ويدعى سفين محمد كاليش زعما بعدم توافر دليل تاريخي يثبت وجود النبي محمد. وقد أزعج الأستاذ الجامعي المسلمين بكتاباته التي ادعى فيها عدم توافر دليل على أن الرسول الكريم كان شخصية تاريخية أو أن القرآن ثابت كما تقول تعاليم الإسلام. وقد تلقى الأستاذ الذي يدير مركز الدراسات الإسلامية التابع لجامعة مونستر شمال ألمانيا مساندة جزئية اليوم من قبل أستاذة ألمانية أخرى. فقد صرحت البروفسورة جودرون كريمر التي تقوم بتدريس العلوم الإسلامية في جامعة برلين الحرة لإذاعة ألمانيا الثقافية الخميس 11-9-2008 بأنها تتفق مع كاليش فيما ذهب إليه وقالت إنه ليس هناك دليل تاريخي على وجود الرسول، وقالت إن كاليش لديه كل الحق عندما يقول إنه ليس هناك دليل علمي واضح يمكنه أن يعطينا برهانا إيجابيا على وجود النبي محمد. وأضافت كريمر "يجب أن تتاح الفرصة للباحث ليقول ما يعتقده. ويجب أن ندعمه حتما في ذلك أيضا. لكن المشكلة تكمن في أن كاليش يقوم على تدريب معلمي الدين الإسلامي في ألمانيا، وهنا أصل المعضلة ". البروفسور محمد كاليش أستاذ كرسي الدين الإسلامي في ألمانيا واجه رفضا شاملا من قبل المنظمات الإسلامية في جميع أنحاء ألمانيا بسبب كتاباته وقالت كريمر إن نظرية كاليش العلمية قد تعرضت بشدة للعقيدة الإسلامية. وإذا كان قد توصل إلى هذه النتيجة، "فليس لأحد - حتى الجمعيات الإسلامية داخل ألمانيا - أن يجبره على التخلي عن اعتقاده هذا. فكاليش ليس معزولا في وضعه بين باحثي العلوم الإسلامية. وقالت كريمر "إن جميع العلماء الذين يتحلون بالنظرة النقدية في دوائر العلوم الإسلامية على علم بأننا لا نمتلك مصادر أصلية تنتمي للفترة التي يفترض أن يكون النبي محمد قد عاش فيها. وهكذا لا يكون كاليش قد شذ عن المجموع بل إن رأيه موافق للأغلبية. لكننا من ناحية أخرى نتفهم أن المؤمنين بالعقيدة الإسلامية لن يفضلوا وجود أستاذ يقوم على تدريب معلمي الدين الإسلامي في الوقت الذي ينكر فيه أصل عقيدتهم". ومن وجهة نظرها كأستاذة للعلوم الإسلامية فإن المخرج الأمثل من هذه المشكلة يتمثل في الإبقاء على كاليش كأستاذ جامعي في مونستر على أن يقوم شخص آخر بتدريب المعلمين الذين سيتولون تدريس العقيدة الإسلامية للتلاميذ المسلمين. يذكر أن البروفسور كاليش الذي كان أول من شغل منصب أستاذ كرسي الدين الإسلامي في ألمانيا قد واجه رفضا شاملا من قبل المنظمات الإسلامية في جميع أنحاء ألمانيا بسبب كتاباته. وقد أنهى المجلس الإسلامي الأعلى للمنظمات الإسلامية الأربعة الكبرى في ألمانيا تعاونه مع مركز الدراسات الدينية الذي يديره كاليش بجامعة مونستر، وقال المجلس في شرحه لأسباب قطع التعاون مع مركز كاليش "إن التناقض بين مبادئ الإسلام وبين المواقف المنشورة لرئيس مركز الدراسات الإسلامية هو الذي حدا به لاتخاذ هذا الإجراء". وقال أيوب أكسل كولر رئيس المجلس المركزي للمسلمين في ألمانيا "إن كاليش يثير الشكوك حول التعاليم الرئيسية للإسلام بدرجة صارخة تجعل من المستحيل موافقته عليها". وأضاف أن كاليش يتشكك في وجود النبي محمد وفي الأسس التي نشأ عليها القرآن". ولكن كولر أكد على حرية البحث قائلا: "نحن نقف في صف حرية البحث العلمي والنظريات العلمية، ولا نريد أن نكمم فم كاليش. غير أننا لا يمكن أن ننصح أحدا بأن يدرس على يديه".