تنفرد الطماطم بفوائد وخواص تختلف عن باقي المزروعات والخضراوات سواء من ناحية الوقاية من المرض أو علاج المرض نفسه ومن أهم فوائد الطماطم إزالة الجراثيم المتسببة في الأمراض، كما تقوم بتنشيط حركية الكليتين، وتعمل الطماطم كمطهر للأمعاء والبطن كما أنها تزيل عسر وصعوبة هضم الطعام والإخراج، وتحتوي كذلك على الحديد لذا ينصح بها مرضى فقر الدم، كما تستخدم لعلاج الحموضة وحالات الاحتقان في الأمراض الصدرية خاصة صعوبة التنفس واحتقان القصبة الهوائية. كما تعتبر الطماطم مفيدة لمرضى السكري، وذلك لاحتوائها على كمية قليلة جدا من الكربوهيدرات، كما يمكن استخدامها في التنحيف أيضا، ويعالج عصير الطماطم التهاب المفاصل عن طريق مزجها بالزيت، ويمكن تناول الطماطم بغرض فتح المسامات والقنوات الطبيعية، ولأنها غنية بالمواد الكيميائية النباتية فهي مضادة للأكسدة، وتقلل خطر الإصابة بسرطان البروستات، كما تعتبر الطماطم مدرة للبول، مفتتة للحصى والرمل وملينة، حيث تساعد على تجنب الإمساك يساعد على حركة الأمعاء التي بسببها يتم إخراج الفضلات، وتعد الطماطم منشطة للجسم وغذاء جيد للمصابين بأمراض القلب وارتفاع الضغط والكلى وتفيد مرضى الروماتيزم والتهاب المفاصل وحصى الكلى.