رفض حزب المؤتمر الوطني الحاكم في السودان إجراء أي استفتاء بشأن حق تقرير المصير لجنوب السودان دون إشراك جميع الجنوبيين فيه· ووصف غازي صلاح الدين مستشار الرئيس السوداني المطلب بحصر التصويت على الذين هم في الجنوب فقط بالتعجيزي· وقال صلاح الدين ''لن يتم أي استفتاء إلا إذا كان شاملا لكل الجنوبيين وأي محاولة ليكون هذا الحق للجنوبيين في الجنوب فقط، أو أن يأتي المواطن الجنوبي من الشمال للتسجيل في الجنوب ثم يأتي بعد بضعة أشهر للتصويت تُعتبر تعجيزا واضحا''· وشدد على أن الاستفتاء المقرر إجراؤه عام 2011 يجب أن يشمل كل الجنوبيين في أي مكان من البلاد· وترفض الحركة الشعبية لتحرير السودان هذا المطلب، وقال أمينها العام باقان أموم في وقت سابق، إن إصرار حزب المؤتمر الوطني على إجراء الاسفتاء في كل مناطق السودان ''يتناقض مع الهدف الذي هو حق تقرير مصير الجنوبيين حول جنوب السودان في جنوب السودان''· وإضافة لموضوع الاستفتاء يواجه شريكا الحكم معضلة أخرى تتمثل في قانون الأمن الوطني الذي أجازه مجلس الوزراء·