يقر الميثاق من أجل السلم والمصالحة الوطنية إجراءات تحفيزية وتدابير مشجعة لعناصر الجماعات المسلحة وكل من تعرض للجزائريين ولدولتهم بسوء، من أجل العودة إلى أحضان المجتمع والاندماج مجددا في الحياة العادية. محمد مسلم ويشير الميثاق في الجانب المتعلق ب "الإجراءات الرامية إلى استتباب السلم"، إلى إبطال المتابعات القضائية في حق الأفراد الذين سلموا أنفسهم للسلطات اعتبارا من 13 جانفي 2000، باعتباره تاريخ انقضاء مفعول قانون الوئام المدني، كما يقر إبطال المتابعات القضائية في حق جميع الأفراد الذين يكفون عن نشاطهم المسلح، ويسلمون ما لديهم من سلاح. كما يبطل المتابعة في حق الأفراد المطلوبين داخل الوطن وخارجه، الذين يمثُلون طوعا أمام الهيئات الجزائرية المختصة، وكذا المنضوين في شبكات دعم الإرهاب الذين يصرحون بنشاطاتهم لدى السلطات الجزائرية المختصة، والأفراد المحكوم عليهم غيابيا، إضافة إلى العفو عن الأفراد المحكوم عليهم والموجودين رهن الحبس عقابا على اقترافهم نشاطات داعمة للإرهاب، فضلا عن الأفراد المحكوم عليهم والموجودين رهن الحبس عقابا على اقترافهم أعمال عنف من غير المجازر الجماعية أو انتهاك الحرمات أو استعمال المتفجرات في الاعتداءات على الأماكن العمومية، مع إبدال العقوبات أو الإعفاء من جزء منها لمصلحة جميع الأفراد الذين صدرت في حقهم أحكام نهائية أو المطلوبين الذين لا تشملهم إجراءات إبطال المتابعات أو إجراءات العفو السالفة الذكر، فيما يستثني القانون في هذا المجال الأفراد الذين كانت لهم يد في المجازر الجماعية أو انتهاك الحرمات أو استعمال المتفجرات في الاعتداءات على الأماكن العمومية. ويشدد القانون في الجانب المتعلق بالإجراءات الرامية إلى تعزيز المصالحة الوطنية، على ما وصفها الإجراءات الملموسة التي ترمي إلى "الرفع النهائي للمضايقات، التي ما زال يعانيها الأشخاص الذين جنحوا إلى اعتناق سياسة الوئام المدني"، وأولئك الذين "سعوا وما زالوا يسعون سعيا مسؤولا في سبيل تعزيز السلم والمصالحة الوطنية، رافضين أن تستغل الأزمة التي مرت بها الجزائر من جانب الأوساط المناوئة في الداخل وأذنابها في الخارج"، ويقر تعويض من فقدوا مناصبهم، ويحظر النشاط السياسي عن كل من "كانت له مسؤولية في العبث بالدين"، وكل من "شارك في أعمال إرهابية". وفي إطار التكفل بملف المفقودين يشدد القانون على ضرورة تكفل الدولة بعائلاتهم، بعد الإحاطة بالوقائع، مع تمكين ذوي حقوق المفقودين من تجاوز هذه المحنة القاسية في كنف الكرامة، باعتبارهم ضحايا للمأساة الوطنية، ولذوي حقوقهم الحق في التعويض. كما يشدد القانون على التكفل بمأساة الأسر التي كان لأعضائها ضلع في ممارسة الإرهاب، ويقرر اتخاذ تدابير في إطار التضامن الوطني، لمصلحة الأسر المعوزة التي عانت من الإرهاب جراء تورط ذويها. ويخلص نص الميثاق إلى تفويض رئيس الجمهورية في أن يلتمس، باسم الأمة، الصفح من جميع منكوبي المأساة الوطنية ويفوض له اتخاذ الإجراءات التي يراها ضرورية قصد تجسيد ما جاء في بنود الميثاق.