حددت وزارة الصحة والسكان وإصلاح المستشفيات، التنظيم الداخلي للوكالة الوطنية والوكالات الجهوية للدم. وأوضحت ضمن القرار الوزاري المشترك مع وزارة المالية والأمانة العامة للحكومة. المديريات والمصالح التي تشتمل عليها الوكالة وكذا صفة مدير مخبر الوكالة الوطنية. يشتمل التنظيم الداخلي للوكالة الوطنية للدم تحت سلطة المدير العام الذي يساعده الأمين العام. حسبما حدده القرار في مادته الثانية على 4 مديريات هي مديرية المتابعة وتقييم إنتاج مواد الدم غير الثابتة والمراقبة، مديرية التقيبس والنوعية، مديرية الاتصال والتوثيق والبحث، ومديرية الإدارة العامة. إلى جانب الوكالات الجهوية للدم والمخبر. وتشتمل المديرية الأولى على مصلحة المتابعة وتقييم إنتاج مواد الدم غير الثابتة، ومصلحة مراقبة نشاطات الوكالات الجهوية. أما مديرية التقييس والنوعية فتضم مصلحتي التقييس والنوعية. في حين تشمل مديرية الاتصال والتوثيق على مصلحتي الاتصال وترقية التبرع بالدم ومصلحة التوثيق والبحث. بينما اشترطت المادة السادسة من نفس القرار، أن تشمل مديرية الإدارة العامة على مصلحة المستخدمين والتكوين، ومصلحة الميزانية والمحاسبة، مصلحة الوسائل العامة ومصلحة الصفقات العمومية والمنازعات. وجاء في القرار الصادر في العدد 70 من الجريدة الرسمية، أن الوكالة الجهوية للدم المسيرة من قبل مدير يجب أن تشمل مصلحة تنسيق نشاطات مراكز الدم الولائية وبنوك الدم، مصلحة إدارة الوسائل والمحاسبة، مراكز الدم الولائية، وبنوك الدم. كما يعين رئيس مخبر لإدارة مخبر الوكالة الوطنية للدم.