En poursuivant ses recherches, Hahnemann va mettre en relief un autre principe clé de l'homéopathie : la dose infinitésimale. Celle-ci n'était pas, un principe, dans la formulation de la méthode qui, rappelons-le, repose sur la similitude. Le médecin saxon a remarqué qu'avant la phase de guérison, on constatait une phase d'aggravation qui pouvait être dangereuse. Il s'est mis à diminuer les doses, tout en redoutant d'entraver la phase de guérison. C'est alors qu'il découvre que la faible dose permet d'éviter l'action du remède, c'est-à-dire sa dangerosité. De plus la guérison s'effectue avec plus de rapidité. Bien entendu, il faut que le médicament soit bien choisi. Deux procédés sont employés pour la préparation des doses faibles. Les substances insolubles, comme les oxydes, les sulfures métalliques et les métaux purs, sont mêlées par une trituration prolongée avec neuf parties de poudre inerte : c'est la première trituration décimale. Une partie de cette trituration est mêlée à neuf autres parties de poudre inerte : on obtient ainsi une seconde trituration… et on recommence à chaque fois, pour obtenir des doses encore plus faibles… Pour les substances solubles, Hahnemann emploie le procédé des dilutions successives. On verse une goutte du principe actif dans un flacon contenant quatre-vingt-dix-neuf gouttes d'alcool. On agite fortement, et on obtient la première dilution centésimale. On prend une goutte de ce mélange et on la verse dans un autre flacon, avec quatre-vingt-dix-neuf autres gouttes d'alcool. C'est la seconde dilution centésimale. Et on continue jusqu'à l'obtention d'une dose très faible ou infinitésimale…