إختلف خبراء الحركات الاسلامية في مصر حول تورط تنظيم القاعدة أو أى جماعة إسلامية فى حادث كنيسة القديسين بالإسكندرية الذي أسفر عن 21 قتيلا واكثر من 80 جريحا. ففي الوقت الذي أكد فيه فريق ضلوع "القاعدة" فى الحادث الإرهابى رأى فريق آخر أن الموساد الاسرائلي وراء الحادث. وقال محامى الجماعات الإسلامية منتصر الزيات ان "استخدام الجماعات الإسلامية للعنف وارد ولكن أعتقد أنها لن تصل إلى هذه المرحلة من العنف الذى نرفضه ونستنكره بشدة". و أعرب عن اعتقاده أن الحادث وراءه أياد خارجية تريد العبث فى "ملف الوحدة الوطنية". ودلل على ضلوع إسرائيل فى الحادث بظهور الجاسوس المصرى الأخير الذى كشفت التحقيقات أنه كان يريد تجنيد أعضاء من الجماعات الإسلامية لكى تقوم بأحداث عنف داخلى. و قال المتخصص في شؤون الحركات الاسلامية عمار علي حسن انه مع امعان النظر فيما جرى يمكن ان يقودنا الحادث الى تفسيرات اخرى على راسها تطبيق المؤامرة الصهيونية ضد الوحدة الوطنية في مصر حسبما كشفت بعض التقارير. ومن جهته أكد الخبير بمركز الأهرام للدراسات السياسية والاستراتيجية الدكتور ضياء رشوان أن الاحترافية فى طريقة تنفيذ العملية التفجيرية والتى أدت إلى وقوع هذا الكم الكبير من القتلى والمصابين وكمية المواد المتفجرة المستخدمة تؤكد أن هذا الأسلوب من أساليب تنظيم القاعدة. وقال من جهته الخبير بمركز الاهرام للدراسات الاستراتيجية عمرو الشوبكي إن بصمات القاعدة واضحة على الانفجار مشيرا الى أن كل العمليات الارهابية التى وقعت فى مصر منذ عام 2003 حتى الآن لم تتم بمثل هذا الاحتراف. وأضاف أن تنظيم القاعدة يسعى للانشاء خلية داخلية له فى مصر أو يجند مصريين لمعاونته فى هجماته. وكانت الصحف المصرية قد دعت يوم الأحد الى السرعة في معالجة ملف "الاحتقان الطائفي " خشية من انزلاق الامور ووقوع توتر خطير على امن واستقرار البلد. وكتبت جريدة " المصري اليوم " (الخاصة) انه لا يمكن الاكتفاء بالنظر للحادث الإجرامى "فى إطار أمنى بحت وكأن القبض على الجناة الحقيقيين سينهى المشكلة دون النظر إلى الأسباب الحقيقية التى تؤدى إلى نمو حالة الاحتقان الطائفى ". ودعت المسؤولين الى عدم "الاستمرار في معالجة هذا الملف الحساس (الطائفية) بالمسكنات واعتباره ملفا امنيا فقط دون تنبه لابعاده السياسية والاجتماعية والثقافية". وقالت جريدة روز اليوسف (الحكومية) ان هناك من "يريد ان يفجر هذا البلد وان يشعل النار بين ابنائه وعلينا أن ننتبه وندرك المؤامرة" التي ترمي الى "حرب أهلية دينية طائفية". وكانت اشتباكات قد وقعت امس بين مسيحيين ورجال الأمن عقب الإنفجار الذي استهدف كنيسة القديسين ليلة اول امس حيث حاول البعض اقتحام مسجد مجاور للكنيسة . كما رفع العديد من مشيعي الضحايا شعارات من بينها "بالروح بالدم نفديك يا صليب" رافضين حضور وزراء ومسؤولين ومراسيم التشييع.