أبطل زعيم تنظيم القاعدة أيمن الظواهري الاندماج الذي أعلن في أفريل الماضي بين تنظيم دولة العراق الإسلامية وجبهة النصرة التي تقاتل النظام السوري، وذلك استنادا إلى رسالة نقلتها قناة الجزيرة قالت أنها حصلت عليها من مصادر موثوقة في سوريا. ويقول الظواهري في الرسالة التي نشرها موقع الجزيرة أن أبو بكر البغدادي زعيم تنظيم دولة العراق الإسلامية، وهي فرع القاعدة في العراق، "اخطأ بإعلانه دولة العراق والشام الإسلامية دون أن يستأمرنا أو يستشيرنا بل ودون إخطارنا". كما اعتبر الظواهري أن زعيم جبهة النصرة أبو احمد الجولاني اخطأ بدوره في إعلانه "رفض دولة العراق والشام الإسلامية (...) دون أن يستأمرنا أو يستشيرنا بل ودون إخطارنا". وقرّر الظواهري بحسب الرسالة أن "تلغى دولة العراق والشام الإسلامية" ويستمر العمل ب"دولة العراق الإسلامية". كما قرر الظواهري ان تكون جبهة النصرة "فرعا مستقلا لجماعة قاعدة الجهاد يتبع القيادة العامة". وامر الظواهري المجموعتين بالكف "عن أي اعتداء بالقول أو بالفعل ضد الطرف الآخر"، وبتقديم الدعم بشكل متبادل. وكان أبو بكر البغدادي قال في رسالة صوتية في أفريل إن جبهة النصرة "ما هي إلا امتداد لدولة العراق الإسلامية وجزء منها"، معلنا "إلغاء اسم دولة العراق الإسلامية وإلغاء اسم جبهة النصرة وجمعهما تحت اسم واحد هو الدولة الإسلامية في العراق والشام". إلا أن جبهة النصرة نأت بنفسها عن هذا الإعلان مؤكدة في نفس الوقت مبايعتها للقاعدة زعيمها الظواهري. وتسبب إعلان زعيم القاعدة في العراق ببلبلة بين الجهاديين وبانقسامات بين المنضوين تحت لواء جبهة النصرة التي تعد من أكثر المجموعات المناهضة للنظام السوري تأثيرا على الأرض. وكانت واشنطن أدرجت جبهة النصرة على قائمة المنظمات الإرهابية بنهاية 2012.